Покорение Казанского ханства в 1552 году стало поворотным пунктом в истории молодого Московского государства. Население ханства было включено в состав поданных московского государства и таким образом оно стало многонациональной державой.
Население Казанского ханства как известно состояло из мусульман-татар, язычников (чуваши, марийцы, удмурты) и христиан - русских полоняников, которые оседали в ханстве после пленения. Такое межконфессиональное различие и стало причиной поражения казанских ханов от единых в конфессиональном отношении московитов.
После взятия Казани царь Иван IV решил сделать все население ханства православным.
Да познают Бога истинного неверные, новые подданные России и вместе с нами да славят Святую Троицу во веки веков» - сказал Иван Грозный после возвращения в Москву из похода
Следуя наказу царя, воеводы в Казани насильно заставляли татар креститься, а кто не хотел, сажали в тюрьмы или по образному выражению летописца того времени "метали в воду".
Такие действия вызвали мятежи, которые принудили московитов к более мягкой политике. В 1555 году была учреждена Казанская епархия, и в "наказной памяти" первому казанскому архиепископу Гурию было указано проводить христианизацию ненасильственными методами:
«крещение неволею не приводить, обращаться с иноверцами кротко, с умилением, жестокостей им не чинить, а при необходимости освобождать их от суда воевод и наместников...» - Акты археографической экспедиции. Т. 1. СПб., 1836. с.259
Но на население Казани не действовали ни угрозы, ни посулы. Наоборот, именно усиленная христианизация вызвала обратную реакцию. Татары, которые раньше не выказывали особенного почитания исламских святынь, начали активно соблюдать все религиозные устои и строить мечети.
Митрополит Казанский и Астраханский Гермоген писал царю Федору Иоановичу 18 июля 1593 года:
«От казанского взятья в сорок лет, не бывали в Татарской слободе мечети, а ныне де учали мечети ставити близко посаду, всего как из лука стрелить»
Так как, христианизация встретила упорное скрытое сопротивление, решено было начать переселение русского населения на земли казанских татар.
В основном русские селились около укрепленных крепостей, под защитой гарнизонов. Также активно шла монастырская колонизация. Монастырям выделялись лучшие земли.
Интенсивно росли монастырские владения Казанского и Свияжского уездов. Некоторые исследователи, ссылаясь на писцовые книги, полагают, что в этих уездах было роздано русским монастырям 57554 дес. пашни, 770 дес. перелога, на 305710 копен (15285 дес.) лугов и 14582 дес. лесов. К монастырям XVI в. Зилантову и Спасо-Преображенскому, Иоанновскому Предтеченскому в Казани, Богородицкому в Свияжске, Пурдошанскому в Мордовии, Троицкому в Чебоксарах и др. в XVII в. прибавилось свыше 30 новых монастырей - монография Л.Таймасова "Правовое регулирование межконфессиональных отношений в Среднем Поволжье во второй половине XVI-XVII вв"
Благодаря такой усиленной колонизации численность русского населения во всех 27 уездах бывшего Казанского ханства достигла половины всех жителей уже к 1678 году.
Колонизация происходила мирно. Каких-либо серьезных конфликтов между татарами и русскими не было. Только в 1588 году были отмечены факты сожжения черемисами (марийцами) многих русских подворий в Нижегородском крае. Причины этого неизвестны.
Но в остальном было тихо. Зато татары продолжили активную идеологическую работу, которая свелась к тому что ислам широко распространился среди коренных народов Поволжья - чувашей, мордвы, удмуртов, марийцев. Принявшие ислам как правило отатаривались.
Так, например, подсчеты В.Д. Димитриева, основанные на анализе писцовых книг 1565-1568 гг. и 1603 г. и других актов, показали, что в начале XVII в. в Казанском уезде было около 200 чувашских селений, а во второй половине того же века многие из них считались уже татарскими - Димитриев В.Д. Национально-колониальная политика московского правительства в Среднем Поволжье во второй половине XVI-XVII вв. // Вестник Чувашского университета. 1995. №2. С. 10.
Таким образом, несмотря на то, что Русского царство победило Казанское ханство оно проиграло "войну вероисповеданий". Ислам на Среднем Поволжье после поражения ханства не только не исчез, но и значительно укрепил свои позиции.