Части Белой армии заняли Екатеринбург 25 июля 1918 года, всего через восемь дней после расстрела царской семьи. В свидетельских показаниях, по крайней мере косвенных, недостатка не было, и вскоре обстоятельства убийства императора и членов его семьи и свиты в целом прояснились. Были тщательно осмотрены и дом Ипатьева, и шахта старого рудника Ганиной ямы, задокументированы многочисленные улики страшного преступления. Вот только всем, начиная следователями и заканчивая Верховным правителем России Александром Васильевичем Колчаком, инициировавшим расследование, не давал покоя один немаловажный факт: тела Романовых так и не были найдены.
Возможно, расследование рано или поздно установило бы истинную судьбу останков царской семьи, но Гражданская война диктовала свои правила: летом 1919 года Белой армии пришлось уже навсегда оставить Екатеринбург, а следователь Николай Алексеевич Соколов подводил итоги своего расследования уже во Франции. Находясь в эмиграции, он написал книгу "Убийство царской семьи". В ней Соколов представил неверные, как оказалось впоследствии, но логично вытекающие из доступных ему фактов выводы. Он решил, что 17 июля 1918 года тела Романовых были привезены на Ганину яму, где были разрублены и бесследно уничтожены с помощью огня и серной кислоты. Сообщения о возможном последующем перезахоронении тел, уже имевшиеся в то время, Соколов счёл дезинформацией, пущенной большевиками, чтобы запутать следствие.
Николай Алексеевич Соколов проделал огромную работу, по косвенным уликам и свидетельским показаниям в целом верно реконструировав череду событий, последовавших за расстрелом царской семьи в подвале дома Ипатьева. К сожалению, у него не было возможности допросить кого бы то ни было из лиц, непосредственно причастных к операции по сокрытию останков. Долгое время считалось, что события эти теперь уже вечно будут покрыты завесой тайны.
Лишь спустя полвека стало известно, что комендант дома Ипатьева Яков Юровский оставил воспоминания о расстреле царской семьи и последующем захоронении останков – своеобразный официальный отчет, датированный 1922 годом, в котором он в мельчайших подробностях описал хронологическую последовательность событий страшных дней июля 1918 года и собственную роль в описанных событиях. В нём он подробно описывает неудачные попытки сокрыть тела Романовых в шахте Ганиной ямы 17 июля, предложение небезызвестного Филиппа Голощёкина уничтожить тела с помощью серной кислоты, в конце концов признанное неосуществимым, и повторное захоронение останков в ночь на 19 июля под гатью из гнилых железнодорожных шпал на Старой Коптяковской дороге.
Отношение к этому документу среди историков долгое время было неоднозначным: некоторые считали его содержание если не полностью фальсифицированным, то, как минимум, не до конца достоверным. Да и вообще в середине XX века интересоваться столь тёмными страницами истории становления Страны Советов было как минимум моветоном. Сожгли останки последнего императора где-то у Ганиной ямы – да и ладно.
Лишь во второй половине 80-х годов, во времена Перестройки, стало возможным обсуждать запретные ранее темы. Сказались отмена ограничений деятельности религиозных объединений и снятие запрета на освещение религиозной жизни СССР в средствах массой информации. Как-то сразу стало известно, что ещё в 1981 году Русской православной церковью заграницей последний император и члены августейшей семьи были причислены к лику святых. Начали поговаривать об этом и в Русской православной церкви. В Свердловске на пустыре, где вплоть до 1977 года стоял дом Ипатьева, стихийно стали собираться верующие, читать акафисты и молиться царственным мученикам.
Естественно, встал вопрос и о поиске возможно сохранившихся потенциально святых мощей. В 1991 году по инициативе известного писателя Владимира Алексеевича Солоухина у Ганиной ямы был воздвигнут поклонный крест, начались поиски точного местонахождения шахты №7, рядом с которой огнём и кислотой якобы уничтожались мощи святых Царственных страстотерпцев и их верных слуг.
Видя всю эту катавасию сенсационное заявление сделали геолог Александр Николаевич Авдонин и писатель Гелий Трофимович Рябов. Они сообщили, что летом 1979 года уже проводили поиски останки членов царской семьи, руководствуясь воспоминаниями Юровского и старыми картами. Именно тогда в Поросёнковом логу на Старой Коптяковской дороге ими было обнаружено групповое захоронение. Под настилом из старых шпал они обнаружили останки нескольких тел и даже изъяли из могилы три черепа для проведения экспертизы. Но установить принадлежность черепов не вышло: оказалось, что это слишком сложная операция, которая могла получить ненужную огласку. Исследователи приняли решение закопать черепа на прежнем месте и никому не рассказывать о своей находке. Прокуратура Свердловской области решила проверить это сообщение и санкционировала раскопки в указанном Авдонином месте. Следователями были обнаружены останки девяти тел. Многочисленные экспертизы, в том числе и генетическая, подтвердили, что это тела членов царской семьи и их слуг – не хватает только тел цесаревича Алексея и великой княжны Марии. 17 июля 1998 года останки торжественно захоронили в Петропавловском соборе Санкт-Петербурга.
Однако знаковое событие омрачилось неожиданно возникшими противоречиями между светской властью и духовной. Патриарх Алексий, первоначально собиравшийся участвовать в торжественном захоронении останков императора в Санкт-Петербурге, внезапно изменил своё решение. Вскоре Синод постановил, что следствие и правительственная комиссия во главе с вице-премьером Борисом Немцовым предоставили недостаточно убедительные доказательства идентичности останков, а Церковь и впредь будет придерживаться позиции, что останки царской семьи нашли место последнего упокоения на Ганиной яме, где были бесследно уничтожены в 1918 году. Вопреки здравому смыслу Церковь продолжала считать именно Ганину яму "огромным антиминсом, пронизанном частицами сожженных святых мощей". К сожалению, сейчас многочисленные паломники зачастую даже не задумываются, что истинным антиминсом является место захоронения Романовых в Поросёнковом логу – вывезены оттуда были лишь костные останки Николая II и его семьи, в то время как значительная часть их праха и поныне покоится в уральской земле.
Многие эксперты считают, что, принимая такое решение, Церковь хотела лишний раз "отмежеваться" от правительства Ельцина и либералов Немцова, которые в конце 90-х годов, мягко говоря, уже не пользовались поддержкой населения. Так это или нет, но разногласия между Церковью и правительством продолжали последовательно превращать ситуацию вокруг царских мощей в нечто поистине сюрреалистичное. В 2000 году Николай II и его семья были канонизированы, а у Ганиной ямы началось строительство монастыря святых Царственных страстотерпцев. И это несмотря на то, что в 1998 году проведённые на Ганиной яме раскопки обнаружили лишь коровьи и козьи кости, а специальные исследования подтвердили, что с помощью имевшихся в распоряжении Юровского 15 пудов керосина и 11 пудов серной кислоты за столь короткое время невозможно было бесследно уничтожить даже один труп, не говоря уж о десятке тел. Какие-то останки должны были сохраниться, и явно не коровьи кости, которые, возможно, были сброшены в шахту "трапезничавшими" здесь в 1918 году членами похоронной команды.
Между тем, расследование светской власти шло своим чередом. Так как не доверять воспоминаниям Юровского теперь уже не было никаких оснований, в июне 2007 года было принято решение возобновить поиски на Старой Коптяковской дороге с целью обнаружить предполагаемое место ещё одного захоронения. Довольно быстро неподалеку от первого захоронения были обнаружены фрагменты костей, принадлежащие двум молодым индивидуумам. Генетический анализ подтвердил, что останки принадлежат великой княжне Марии и цесаревичу Алексею. Так что рассказ Юровского оказался правдивым вплоть до самого конца.
Несмотря на это, именно монастырь на Ганиной яме в наши дни стал центром почитания святой царской семьи, ежегодно его посещают более 300 тысяч паломников – в отличие от Поросёнкового лога, о котором многие паломники даже и не слышали. А Церковь до сих пор не признала подлинность останков Романовых, обнаруженных в Поросёнковом логу. И если останки Николая II, его супруги и трёх дочерей, будучи формально непризнанными Церковью, всё-таки упокоились в соборе Петропавловской крепости в Санкт-Петербурге, то останки цесаревича Алексея и великой княжны Марии ныне, очевидно, утеряны. Видимо, предчувствуя вспышку общественного интереса к этому вопросу, вызванную приближающимся столетием со дня расстрела Романовых, в 2015 году Церковь потребовала у Государственного исторического архива передачи останков. Какое-то время они находились в Новоспасском монастыре в Москве, после чего бесследно исчезли. Перефразируя известное выражение, нет костей – нет проблемы. Во всей этой истории есть лишь один положительный момент: пусть даже огромный мемориальный комплекс близ Ганиной ямы возведён далеко от места упокоения останков последнего российского императора, его строительство всё-таки позволило сохранить для потомков память об одной из самых постыдных страниц в истории нашей страны.