Если у заказчика претензии только к части выполненных работ, то по общему правилу он не обязан принимать остальные, т.е. отвествующие договору.
Поэтому неправомерно обязывать заказчика в каждой строке актов формы КС-2 напротив отраженных в них видов работ указать конкретный объем, который им принимается, и тот, который имеет недостатки, а затем производить расчеты стоимости качественно