За 20 лет без больших потерь империя приросла территорией, сравнимой с Сибирью или Украиной. Она утёрла нос Англии и обрела источник постоянной головной боли.
Россия издавна засматривалась на мусульманские страны, лежавшие за огромными степями к югу от Уральских гор. Бухару, Самарканд, Коканд и Хиву часто посещали русские купцы. От слухов о сказочных богатствах экзотических стран, скрывавшихся за степями и пустынями, загорались глаза у многих россиян.
Первую попытку хапнуть эти сказочные края предпринял еще Пётр I. Царя впечатлили рассказы туркменского гостя Ходжи Нефеса о золотоносных песках Амударьи и о зловредных хивинцах, которые, чтобы скрыть богатства, отвели русло реки в Аральское море. В 1716 году Пётр приказал послать к Хиве войска под командой князя Александра Бековича-Черкасского.
В июне 1717 года четырехтысячное войско Бековича двинулось из Гурьева в сторону Хивы. Через месяц русские добрались до урочища Карагач, где путь им преградила хивинская армия, в шесть раз превышавшая силы вторжения. Завязался трехдневный бой, который показал разницу в классе между азиатской ордой и русской армией, уже имевшей за плечами победы над Швецией.
В 1740-х годах российский протекторат признали кочевые казахи. Общую ситуацию в регионе это не сильно изменило. Русские неплохо изучили среднеазиатские монархии. Самой крупной был Бухарский эмират, в котором проживали три миллиона человек. Кокандский хан имел полтора миллиона подданных, а хивинский — полмиллиона. Три этих довольно отсталых даже по азиатским меркам страны постоянно враждовали между собой.
Россия была заинтересована в Средней Азии прежде всего как в рынке сбыта своих товаров. Например, русский металл с трудом мог выдерживать конкуренцию в Европе, и 60% выплавляемого железа отправлялось на юг и восток. С юга в Россию везли хлопок — необходимое сырье для русской текстильной промышленности.
В ХIХ веке в Среднюю Азию активно старались проникнуть англичане. Они, так же заинтересованные в новых рынках сбыта, действовали с юга, из Британской Индии. На рынках Коканда, Хивы и Бухары появились множество английских товаров. Власти этих государств явно симпатизировали британским торговцам: их облагали меньшими пошлинами, чем русских купцов. Российское правительство не видело другого способа изменить создавшееся положение кроме силового решения проблемы.
Следующий этап борьбы за Среднюю Азию начался в мае 1864 года, когда отряды полковников Веревкина и Черняева с двух сторон вторглись в пределы Кокандского ханства. 9 мая 1865 года произошло сражение, в котором погиб кокандский хан, а его войско было разбито. Развивая успех, Черняев сходу начал штурм Ташкента. После двухдневных уличных боев городские власти выразили готовность полностью подчиниться императору Александру II. В том же году Ташкент и большая часть территории Кокандского ханства стали частью Российской империи.
Воспользовавшись соседской бедой, бухарский эмир захватил Коканд. Русским, которые уже считали нового хана своим вассалом, это не понравилось, и они объявили Бухаре войну. Против русских штыков армия эмира оказалась слабовата.
2 июня на холмах Зирбулак произошло решающее сражение, после которого бухарская армия перестала существовать.
Последним независимым государством в Средней Азии осталось Хивинское ханство. В 1873 году русские добрались и до него.
Непокоренными в Средней Азии остались только туркменские племена, населявшие оазисы в закаспийских пустынях и не имевшие централизованной власти. На их территории зарилась Англия, активно поддерживавшая туркменов и текинцев, живших в основном грабежом соседних областей. В 1878 году Англия захватила Афганистан и собиралась занять и территорию Туркмении.
Бухарский эмират и Хивинское ханство оставались внутри Туркестана формально независимыми анклавами. Русское правительство не спешило ликвидировать эти монархии, считая вполне достаточной их вассальную зависимость.