Решение о создании уникального музейного комплекса, расположенного под открытым небом, было принято Министерским Советом РСФСР. Соответствующее постановление вышло 16.02.88 г. Чтобы претворить это решение в жизнь, несколько десятков людей на протяжении многих лет прикладывали свои усилия, изучая и охраняя известный на весь мир памятник искусства.
Наскальные узоры, оставленные древними поселениями, обнаруженные на стыке XVI-XVII на побережье реки Томи, на протяжении многих лет вызывали интерес ученых. Эту скалу описывали в своих работах известные исследователи и путешественники XVII- XIX столетий. В ХХ веке изучение загадочной местности продолжили ученые СССР. Результаты их кропотливой работы представлены в «Сокровище Томских Писаниц».
Множество статей было опубликовано в научных печатных изданиях, советских и зарубежных. Ученые выполнили свою работу, помогли современникам осознать смысл бытия и древние мировоззрения. Но защитить памятник от разрушительного воздействия природных явлений и вандализма им оказалось не под силу.
В 60-80-е годах был создан своеобразный штаб по спасению уникального объекта.
Именно в тот период памятник впервые зарегистрировали, возвели знаменитую лестницу, по которой и сейчас спускаются к скале. Была проделана огромная просветительская работа: много статей опубликовали в прессе, на радио и тв выходили передачи, посвященные загадочной скале, состоялись первые экскурсии.
Заповедником место, где находится Томская, объявили в 1968 г. А в середине 80-х тут создали музей, который возглавил В.М. Кимеев, являвшийся по профессии этнографом. В тот период заложили и базу работы музейного комплекса, утвердили заповедные зоны, создали коллектив единомышленников, провели топографическую съемку местности, выполнили землеотведение, подготовили и утвердили генеральный план, наладили выпуск сувениров.
Были организованы первые экспедиции, связанные с комплектованием фондов, исследованием традиций и культурных обычаев местных жителей, начали формировать этнографические композиции.
В 1989-91 гг. археологи обнаружили новые наскальные узоры. В 1991 года во главе музея встала Г.С. Мартынова. Эту должность она занимала на протяжении 13 лет. В музее появились новые экспозиции, активно организовывались научные конференции. Одна из них, состоявшаяся с 1995 году была посвящена проблематике старинного наскального искусства.
Тогда же открыли музей «Петроглифов Азии», на сегодняшний день это один из самых крупных хранилищ экспонатов наскального искусства в РФ. Кроме него, появился еще и археологический комплекс «Археодром». В 1996-1997 годах было создано несколько экспозиционных комплексов. Один из самых известных среди них - «Мифология и эпос народов Сибири». Со второй половины 90-х годов музей-заповедник стал активно участвовать в конкурсах и различных форумах, завоевал известность не только в РФ, но и за границей.
На смену Мартыновой пришел Каплунов, который возглавляет музей, и по сей день. В 2005 году музей подвергся реконструкции. За два десятка лет его превратили в научно-исследовательский центр. Один из сотрудников академик РАЕН А. И. Мартынов посвятил музейному комплексу всю свою жизнь. Другие работники также добились немалых успехов, на их счету 4 кандидатских диссертации. В экспедициях были собраны материалы, которые послужили базой для создания монографий.
В настоящее время «Томская Писаница» представляет собой многопрофильный культурный комплекс, в котором музейная направленность сочетается с научной. Это современный объект, являющейся гордостью Кузбасса. Сейчас в музее трудится более 60 человек. Они работают в различных отделениях: проводят экскурсии, реставрируют, строят, заведуют административно-хозяйственным сектором.
На территории музейного комплекса любят отдыхать кузбассовцы и туристы. В «Томской Писанице» побывало немало известных личностей, среди которых политические деятели, ученые, предприниматели. Музей посещали спортсмены, космонавты, артисты, путешественники. И у всех у них остались яркие впечатления от визита в «Томскую Писаницу».
