Как и все люди, Тсунаде попадает в Муген Тсукуёми. Её иллюзия начинается в Конохагакуре. Сидя в беседке, Тсунаде находит последнюю написанную работу Джирайи, под названием «История Джирайи». В романе описывается совсем другая жизнь шиноби, где Сарутоби Хирузен, Намиказе Минато, Кушина и другие жители Конохи - живы. Все знают, что Наруто - Джинчурики, а также уважают его, потому что он сын Хокаге.
Тем временем, Какаши собирает свою команду: Наруто, Саске и Сакуру для миссии ранга S. Не начав задания, между Саске и Наруто вспыхивает вражда, где Наруто, в скором времени, предлагает Саске на перегонки добежать до дальней горы. Узумаки, убежав первым, неожиданно встречает пропасть, куда и падает. При падении, он внутренне начинает общаться с Лисом и просит у него чакру. Когда Курама поделился своей чакрой, то Наруто, воспользовавшись ей, смог призвать огромную жабу - Гамакичи, который, тем самым, спасает ему жизнь. Тем временем, Какаши, Сакура и Саске находят Наруто и возвращаются в деревню, где Минато переживает за своего сына, представляя, что тот не сможет в какой-то момент удержать Кьюби. После, у врат Конохи, вместе с командой №7, на задание собираются команды: №3, №8 и №10. Все они, получив информацию, что надо найти уцелевших, разбегаются, начав миссию.
Минато узнаёт от уцелевшего парня, что произошло. Тот говорит, что его друзья - Изумо и Котетсу - пропали, а ему удалось сбежать. Увидев вазу с цветами на окне, парень вспоминает о бабочке "Огеха". Минато подробно узнаёт о ней от Тсунаде. Тем временем, команда Какаши останавливается в лесу, где Наруто находит бабочку "Огеха" и бежит за ней, дабы поймать, но Саске устремляется ему вслед, чтобы остановить. Пока Сакура отвлекается на парней, Какаши чувствует, что кто-то наслал на него технику, после чего ему становится плохо, и из-под земли появляются щупальца, которые незаметно обхватывают его и затаскивают под землю. То же самое случается и с другими учителями команд. После исчезновения сенсеев, на их месте, каждая команда находит особый кунай, который принадлежит Минато. Затем все команды собираются найти друг друга, но когда Саске и Наруто уже были в пути, перед ними появляется опасный противник. Им оказывается член Акацки - Хидан. Ему удаётся ранить Наруто и начать ритуал. Псих протыкает себя остроконечным металлическим штырём, после чего Наруто чувствует очень сильную боль. А тем временем, Шикамару, Ино и Чоджи также встречают своих противников. Ими становятся трое шиноби из Амегакуре - Конан, Яхико и Нагато.
Тсунаде продолжает читать роман в своей иллюзии, который написал Джирайя. Тем временем, раненный Наруто исчезает, оказавшись теневым клоном, и после он одерживает победу над психом, но тому удается сбежать. Также, происходит сражение между командой Асумы и учениками Джирайи, но позже все они расходятся. Команда Куренай продолжает вести поиски Шикамару, Ино и Чоджи. Вскоре, команду Какаши находит команда Гая, и вместе подростки начинают рассуждать между собой об исчезновении их учителей. В другой стороне леса, потеряв своих противников, команда Асумы находит небольшую деревушку, а также детей, забегающих в один из домов, и проследовав за ними, Шикамару, Ино и Чоджи знакомятся с ними. Но не тут-то было, в этом же доме оказывается и команда Джирайи, которая всё это время следила за ними. Шикамару предлагает мальчикам помощь, протянув руку, но выжившим ребятам становится страшно. В этот же момент, Нагато, увидев что происходит, вспоминает эпизод из своего детства, когда шиноби из Конохагакуре ворвались к нему в дом и убили его родителей. Поэтому, в текущий момент, ему начинает казаться, что происходит то же самое, и поэтому он начинает злиться. Испытав сильную злость, Нагато ставит свою команду в известность, но из-за своей колоссальной мощи обрушивает дом. Пол на первом этаже проваливается, и дети - Ашитаба и Комичи, падают вниз. Дабы спасти ребят, "Трио Джирайи" прыгают в яму. Из-за разрушения образуется дым, который видят команды Гая, Курнай и Какаши. Вскоре, все они направляются туда.
Наруто и Неджи противостоят человеку в маске
Команды Какаши и Гая совместно продолжают свой путь к тому месту, где произошёл взрыв. Но на пути они встречают странную темную сферу, которая внезапно появляется перед ними. Но команда Куренай тоже не стояла на месте, ведь Хината, Киба и Шино были уже у той самой деревушки. Тем временем команда Джирайи, находясь в канализации, продолжают поиски ребят, где вскоре находят плюшевого медведя, который принадлежал одному из пропавших мальчиков. Наверху, команда Асумы уходит от того места, где образовалась яма, и Шикамару начинает разрабатывать безопасный способ по поиску детей. Выходя из деревушки, надеясь, что их найдёт команда Куренай, Шикамару, Ино и Чоджи встречают на своем пути девушку, которая молилась перед древней святыней. Девушка рассказывает, что потеряла своих сыновей, поэтому она молится о их спасении. Тем временем, сфера, которая появилась перед командами №3 и №7, становится прозрачной, где всем было видно, что внутри неё находятся пропавшие учителя. Продолжая совместно обдумывать, что это за сфера и опасна ли она, Неджи не собираясь долго стоять, бежит к ней и прыгает внутрь шара. После чего, Наруто прыгает следом, ведь отпускать своего друга одного он не хотел. Вскоре, парни попадают в неизвестное для них измерение, где встречают перед собой человека в маске, у которого в отверстии для глаза виден Бьякуган. Незнакомец начинает говорить с Неджи о клане Хьюга. Парню становится интересно и незнакомец предлагает пойти с ним, чтобы тот смог узнать о клане побольше. Неджи устремляется следом. Тем временем, на Конан, Яхико и Нагато нападет подводное чудовище. Сбежав от него, они находят пропавших детей. Шиноби Дождя пытаются спасти ребят, сражаясь уже с двумя чудищами. Но в неожиданный момент к ним на подмогу приходит команда Асумы.
Команда Асумы помогает трио из Амегакуре в спасении детей от подземных созданий. Одно из них атакует Чоджи, но его спасает Нагато. Команды возращают детей их матери. сироты из Аме благодарит ИноШикаЧо за помощь им, и предполагают, что они так же разделяют некоторые ценности Джирайи. Яхико предлагает им работать вместе, но Команда Асумы отказывается, поскольку они хотят найти своего наставника. Шикамару догадывается, что трио из Аме не хочет умирать и следует чьим-то приказам. Они собираются сразиться вновь, но сироты из Амегакуре уходят как раз перед воссоединением Команды Асумы с командой Куренай. Шикамару не говорит им про трио из Аме и решает, что им нужно доложить в Коноху, а также объединиться с командой Какаши и Гаем. Рок Ли и Саске спорят насчет того, возвращаться ли в деревню, или же искать их пропавших товарищей и сенсеев. Человек в маске предлагает Наруто и Неджи пройти сквозь врата, где показывает им события Инцидента с Хьюга, когда было принято решение выдать Кумогакуре мертвое тело Хизаши. Трое обсуждают увиденное, и человек в маске просит Неджи принять его сторону в плане по изменению Конохи. В то же время Джирайя находит один из лагерей Орочимару.
Рассказ продолжается тем, что Неджи решает выслушать незнакомца и идёт за ним. Наруто пытается вмешаться, но человек в маске блокирует его тенкетсу, после чего незнакомец и Неджи перемещаются в другое пространство. Там к ним выходят на связь Нагато, Яхико и Конан и предоставляют отчёт о Генинах Конохи. В это же время Саске и Сакура вступают в бой с Сасори, в ходе которого тот наносит Саске отравляющую рану. Парализованный Наруто просит чакры у Кьюби, чтобы он смог восстановиться, но тот отвечает, что это невозможно, пока Наруто не научится контролировать огромный поток чакры и тем самым ехидно подначивает его снять сдерживающую печать. Внезапно перед ним появляется Джирайя.
Генины Конохи против марионеток Сасори
Сакура наносит удар по Сасори, после чего он отступает. Затем Сакура полностью извлекает яд из тела Саске и начинает его лечить. Джирайя восстанавливает тенкетсу Наруто и предлагает ему ослабить печать Кьюби. Ли и Тентен, убегая от атак преследовавшего их врага, встретились с командами Асумы и Куренай. Они все вместе решают пойти на помощь Сакуре и Саске, где их уже поджидает Сасори с призванной сотней марионеток. Джирайя ослабляет печать и Наруто охватывает Кьюби но Коромо — четырёххвостая форма.
Джирайя сражается против четырёххвостого Наруто. Он сильно ранит Джирайю, ломая ему несколько рёбер. Саске нападает на марионеток Сасори, понимая что справиться будет не просто. Генины Конохагакуре присоединяются к бою, чтобы защитить Саске, но Сасори призывает ещё больше кукол, дабы показать шиноби настоящий ад. Наруто берёт под контроль чакру Кьюби и приходит на помощь друзьям. Вспоминая тренировки с его отцом, он осваивает технику Расенган и с помощью Таджу Каге Буншин но Дзюцу одолевает марионеток Сасори. В конце Неджи обращается к человеку в маске, называя его отцом.
Раскрытие личности Хизаши
Неджи возвращается к своим друзьям и рассказывает, что всё это было экспериментом для них. Человек в маске распускает команду наёмников и просит команду Джирайи (Нагато, Яхико и Конан) помочь эвакуировавшимся сельчанам вернуться в свои дома. Конан создаёт бумажных бабочек, которые указывают путь Генинам к месту, где находятся их наставники. Они находят своих учителей и к шиноби Конохагакуре является человек в маске. Под ней скрывался Хьюга Хизаши — давно умерший отец Неджи. Как оказалось, это Орочимару вернул его к жизни при помощи техники Кучиёсе: Эдо Тенсей. Хизаши и Неджи остаются наедине, чтобы поговорить по душам как отец и сын, в результате чего развеивается техника воскрешения — Хьюга Хизаши обретает покой. Яхико отправляется в селение, чтобы вернуть Комичи его плюшевого мишку, как вдруг происходит большой взрыв. Нагато впадает в ярость, полагая, что Яхико был убит.
