В 2002 году президентом клуба становится бизнесмен Иван Саввиди. В клубе произойдут большие перемены, обновится состав команды. Вместе с этим, в начале сезона 2003 , изменится и название клуба. Вместо "Ростсельмаша" появится футбольный клуб "Ростов".
Финал кубка России, невнятная игра и вылет в 1-ый дивизион:
В 2003 году, "Ростов" впервые вышел в финал кубка России. Это было первое серьёзное достижение "Ростовчан". Тогда казалось, что клуб теперь выйдет на новый уровень и сможет более уверенно играть в РФПЛ с любым соперником. В финале они уступили Московскому "Спартаку" со счётом 0:1, и тогда многие эксперты говорили, что "Ростову" просто-напросто не хватило психологических сил на этот матч, и что команда была достойна этого кубка.
В следующем сезоне 2004 команда не смогла сделать тот ожидаемый "скачок", которого все от неё ждали, и вплоть до 2006 держались ниже середины турнирной таблицы. Сезон 2007 стал худшим в современной истории "жёлто-синих": 2 победы, 12 ничей и 16 поражений из 30 матчей. Как итог: 16-е место и безоговорочный вылет в 1-ый дивизион.
Моментальное возвращение в Премьер-лигу, закрепление в элитном дивизионе и победа в кубке России:
Еще в конце сезона 2007 , когда «Ростов» покинул элиты, судьба команды выглядела туманно. Донской клуб покинуло множество игроков, с финансированием была неясность, и в целом, ситуация была крайне неприятная. Неопределенность вынудила болельщиков клуба 16 декабря провести митинг на Театральной площади, на котором областные власти успокоили собравшихся – команде выделили 450 миллионов рублей на возвращение в Премьер-лигу. И это сработало. Благодаря главному тренеру (Олегу Долматову) и новому спортивному директору (Александру Шикунову), удалось собрать и сплотить довольно боеспособный состав.
В 2008 году «Ростов» успешно выступил в первом дивизионе и вернул себе место в премьер-лиге, попутно установив абсолютный рекорд по количеству матчей без поражений (24). В 2009 году, вернувшись в элиту, "Ростов" не без труда сохраняет место в РФПЛ, заняв 14-е место. В сезоне 2010 "Дончане" шли до 20-го тура в первой пятёрке, но потом пошла серия поражений и, как итог, 9-е место. В 2011 году ростовский клуб смог дойти до полуфинала Кубка России, уступив там "Алании" в серии пенальти. Команда закончила сезон на 13-м месте и в стыковых матчах прошла "Шинник".
И вот, в сезоне 2012/13 приходит новый наставник команды: Миодраг Божович на смену Анатолию Байдачному. При новом наставнике сезон складывается также не лучшим образом: как и в прошлом году 13-е место. Но в сезоне 2013/14 "Ростов" казалось бы делает невозможное: берёт первый свой трофей в современной истории клуба, а именно - Кубок России. Тот финал был южным дерби между "Краснодаром" и "Ростовом". В основное и дополнительное время счёт не был открыт, поэтому победителя выявила серия 11-метровых (5:6 в пользу "Ростова"). В турнирной таблице команда заняла 7-е место.
Снова кризис, приход Бердыева и серебро в чемпионате:
После победы в Кубке России, "Ростов" получил автоматическую путёвку в Лигу Европы, раунд плей-офф. Правда, для команды Божовича Лига Европы закончилась, толком не начавшись: поражение в гостях от турецкого "Трабзонспора" со счётом 2:0 и нулевая ничья дома оставляет "Ростов" за бортом еврокубков. Сезон шёл тоже крайне неудачно: после 17-ти туров РФПЛ, "Ростов" занимал последнее место в турнирной таблице, и на протяжении сезона крупно проигрывал принципиальным соперникам, таким как "Зенит" (0:5), "Динамо" (3:7), "ЦСКА" (0:6). Последней каплей стал вылет от "Сызрани-2003" (0:3) в 1/16 Кубка России, и Божович после этого покинул клуб. Пришёл на пост главного тренера Игорь Гамула, но долго он тренером не пробыл из-за своих резких высказываний в прессе на тему расизма. У клуба снова начались проблемы с финансами. Игрокам не выплачивали зарплату, и задолжали порядка 400 миллионов рублей.
Но 18 декабря 2014-го года приходит, пожалуй, одна из самых значимых фигур в истории клуба - Курбан Бердыев, известный тренер, в карьере которого было немало ярких побед, в том числе и над "Барселоной" на "Камп Ноу" (1:2) в групповом этапе Лиги Чемпионов. Тогда он возглавлял "Рубин"
Бердыев, несмотря на финансовые проблемы в клубе, спасает "Ростов" от вылета в ФНЛ, а на сезон 15/16 подписывает Сесара Наваса (ЦЗ), Кристиана Нобоа (ЦП) и Сердара Азмуна (ФРВ). Сезон 15/16 стал выдающимся для "Ростова" : 2-е место в Российском первенстве, набрав 63 очка, отстав от чемпиона России ("ЦСКА") всего лишь на 2 очка. Благодаря воле и характеру, которые проявили игроки "Ростова", болельщики дали игрокам прозвище : "Мужики".
Еврокубки:
Благодаря 2-ому месту в чемпионате, "Мужики" начали свой путь с 3-его квалификационного раунда Лиги Чемпионов. На пути им попался бельгийский "Андерлехт", которого они спокойно обыграли благодаря домашней победе со счётом 2:0, до этого была результативная ничья в гостях (2:2).
Следующим соперником, уже в раунде плей-офф, оказался нидерландский "Аякс". Тем временем, ещё возникает некий конфликт между Бердыевым и руководством Ростовской области, после чего он покидает клуб как главный тренер, но за день до матча с "Аяксом", Бердыев возвращается, но уже на пост Вице-президента, а главным тренером становится Дмитрий Кириченко. Ничья в гостях (1:1) даёт надежду на проход в групповой этап Лиги Чемпионов. В ответном матче "жёлто-синие" не дрогнули: крупная домашняя победа над Аяксом (4:1).
Групповой этап выдался не сладким. В группе оказались сразу два мировых футбольных гранда ("Атлетико" и Бавария") и чемпион голландского чемпионата ("ПСВ"). Первый матч группового этапа "Ростов" крупно уступил на выезде Мюнхенской "Баварии" (5:0), затем дома сыграл вничью с "ПСВ" (2:2). Дальше были матчи с "Атлетико", где "Ростовчане" очень обидно уступили с минимальным преимуществом испанцев (1:0 в гостях; 1:2 дома). Но дальше случилось то, что вошло в историю российского футбола: сенсационная домашняя победа над "Баварией" со счётом 3:2, где отличились Азмун, уложив на газон Жерома Боатенга, Полоз (пен) и Нобоа, ударом со штрафного.
Благодаря этой победе, "Ростов" закрепился на 3-ей позиции в турнирной таблице и, соответственно, сохранял шансы на выход в Лигу Европы. Нужна была только ничья или победа над "ПСВ". 6-ой и завершающий матч группового этапа завершился напряжённой нулевой ничьёй. Благодаря этому, "Ростов" продолжил путь в Лиге Европы. За участие в Лиге Чемпионов, "Ростов" заработал порядка 18 миллионов евро.
"Ростов" начал с 1/16 Лиги Европы. Команде досталась чешская "Спарта". В 1-ом матче "Мужики" не заметили оппонента: 4:0 дома, а в ответном матче, уже в Праге, сыграли вничью 1:1.
В 1/8 снова не повезло с жеребьёвкой: на пути "жёлто-синих" встали "красные дьяволы". Первый матч проводился на "Олимп-2", где был настоящий поединок. Первый мяч забил Генрих Мхитарян в 1-ом тайме, благодаря которому "МЮ" вышел вперёд. Но во 2-ом тайме, после длинной передачи Тимофея Калачёва в штрафную площадь соперника, Бухаров красиво обработал мяч грудью и пробил Давида де Хеа. Матч так и завершился, 1:1.
После ничьей дома, Ростов питал надежу на проход дальше, в 1/4 стадию, но на "Олд Траффорд", "манкунианцы" играли в плотный футбол, и единственный мяч забил Хуан Мата во второй половине 2-го тайма. Матч закончился со счётом 1:0, а по сумме 2-ух встреч "Ростов" уступил "Манчестер Юнайтед", 1:2 соответственно. Завершилось и еврокубковое путешествие "Ростова". В том евросезоне «Ростов» набрал больше всех очков в таблице коэффициентов УЕФА среди российских клубов — 15.
Итог:
"Ростов" - один из самых прогрессирующих клубов в РПЛ даже прямо сейчас, несмотря на небольшой кризис в команде. В клубе всегда не хватало финансовых средств, уходили важные игроки, менялись тренеры, президенты, но всегда кое-что оставалось - это дух, характер и несгибаемость. За рубежом уже давно знают, что это за команда. Ждём ещё от них ярких побед и классных эмоций.