Добрый день. Вы сами уже ответили на свой вопрос: одной из частых причин галитоза являются хронические синусовые инфекции. Это более известные гайморит (особенно одонтогенная форма), сфеноидит, этмоидит и фронтит. Следует присмотреться к хроническому этмоидиту, при котором характерны именно выделения со стойким неприятным запахом.
Так же следует обратить внимание на озену или атрофический ринит - который формирует выделения зловонного характера (тем более у Вас в анамнезе хроническая аллергия). Это естественно влияет на ощущение "чистоты" дыхания.
Насчет бактерий - проблема не какие они, а почему размножаются. Т.е. в большинстве случаев не нужно искать, конкретного возбудителя - антибактериальная схема лечения практически одинакова.
Единственно можно добавить возможное присутствие грибкового возбудителя - соответсвенно "посев" выделений может назначаться, но это не основной диагностический критерий.
В вашем случае, после санации ротовой полости, следует обратить внимание на назальную эндоскопию и КТ (не МРТ). Последняя позволяет более точно вывить изменения в костной ткани.
С уважением, будьте здоровы!