Workspace - это папка, в которой в дальнейшем будут сохраняться все созданные проекты. KNIME предлагает выбрать ее при запуске. Можно один раз с умом подойти к ее созданию и больше не менять. Если все-таки вы завели несколько Workspace, поменять можно через меню File -> Switch Workspace.
