Виктор Абакумов родился 24 апреля 1908 года в городе Москва. Окончил четыре класса городского училища. С ноября 1921 по декабрь 1923 год служил добровольцем-санитаром во 2-й Московской бригаде частей особого назначения. Затем два года юноша перебивался случайными заработками - трудился разнорабочим и грузчиком.
В начале 1925 года семнадцатилетнего парня взяли в Московский союз промысловой кооперации упаковщиком. Спустя два года являлся охранником военно-промышленного предприятия. Молодой человек вступил в ряды ВЛКСМ и через год, в 1928 году принят упаковщиком на склады Центросоюза.
В 1930 году Абакумов вступил в ряды Коммунистической партии. По профсоюзной линии назначен заместителем начальника торгово-посылочной конторы Наркомата торговли и секретарем комсомольской ячейки. Спустя полгода переведен руководить ячейкой комсомольцев штамповочного завода «Пресс», где избран секретарем. Через год молодой комсомольский вожак заведовал военным отделом райкома комсомола в Замоскворечье.
С января 1932 года Виктор Абакумов являлся практикантом в экономическом отделе в органах Государственного политического управления. Затем стал оперуполномоченным 3-го отдела экономического управления. В 1934 году переведен в Главное управление исправительно-трудовых лагерей и трудовых поселений, где работал в должности уполномоченного и оперуполномоченного 3-го отделения Оперативного отдела. В 1936 году присвоено специальное звание Младший лейтенант государственной безопасности.
Впоследствии Виктор Семенович перешел в Главное управление государственной безопасности Народного комиссариата внутренних дел СССР, где сначала занимал должность оперуполномоченного Отделения 4 отдела, затем являлся помощником начальника Отделения 4 Отдела 1 управления. Позднее стал помощником начальника отделения 2 отдела, а затем начальником 2-го отделения. С декабря 1938 года исполнял обязанности начальника, а 27 апреля 1939 года утвержден в должности начальника управления НКВД по Ростовской области. Во время допросов применял физическую силу для получения признательных показаний от подследственных.
В феврале 1941 года Абакумов являлся заместителем народного комиссара внутренних дел, а с началом Великой Отечественной войны стал начальником военной контрразведки. Летом получил звание комиссара Государственной безопасности 3 ранга, что в армии равнялось званию генерал-лейтенанта. В апреле 1943 года назначен на должность начальника Главного управления контрразведки «СМЕРШ» и заместителя народного комиссара обороны. В 1944 году принимал участие в осуществлении депортации ряда народов Северного Кавказа. С января по июль 1945 года, оставаясь руководителем СМЕРШ, одновременно являлся уполномоченным НКВД по 3-му Белорусскому фронту.
В 1946 году Виктор Абакумов назначен на должность министра государственной безопасности СССР. Руководил политическими репрессиями. Под его руководством проведено «Ленинградское дело» и положено начало Делу Еврейского антифашистского комитета. Входил в Постоянную комиссию по проведению открытых судебных процессов по наиболее важным делам бывших военнослужащих германской армии и немецких карательных органов, изобличённых в зверствах против советских граждан на временно оккупированной территории Советского Союза. Являлся членом секретной комиссии Политбюро ЦК ВКП(б) по судебным делам.
Виктор Семенович Абакумов 12 июля 1951 года арестован, и ему выдвинуты обвинения в государственной измене, сионистском заговоре в МГБ, в попытках воспрепятствовать разработке «дела врачей». Поводом для ареста послужил донос Сталину от начальника следственной части по особо важным делам МГБ СССР подполковника Рюмина. Со смертью Сталина и приходом к власти Никиты Хрущева обвинения против изменены. Ему вменялось в вину «Ленинградское дело», сфабрикованное им, согласно новой официальной версии, как участником «банды Берии».
Виктор Абакумов предан закрытому суду, на котором виновным себя не признал. Расстрелян 19 декабря 1954 года на Левашовской пустоши.