1) Ионная группа (Скалолаз, Следопыт, Рас и неназванный клон)
Скалолаз - клон-коммандос, капитан Ионной группы. Во время приказа 66 он вместе со своими бойцами сражался на планете Боз-Пити. Получив приказ, он немедленно переспросил, и когда понял, что не ослышался, отказался исполнять приказ, потому что подумал, что связь перехватили сепаратисты и попытались таким образом избавиться от джедаев. Вместо этого он сорвал планы клона-коммандера Залпа, который со своими клонами устроил засаду на джедаев. Ионная группа оглушила Залпа и его клонов электромагнитными гранатами и благодаря этому джедаи успели скрыться. Затем на Боз-Пити прибыл сам Дарт Вейдер, чтобы разобраться в случившемся. Скалолаз понял, что приказ не был ошибкой, но сказал, что в любом случае отказался бы исполнять приказ. Когда Ионная группа встретилась с Дартом Вейдером, произошел бой, в ходе которого два клона из Ионной группы погибли, а Скалолаз и Следопыт скрылись в лесах. Немного позже по приказу Вейдера они были схвачены и помещены в тюрьму.
2) Альфа-26 или Мейз
Во времена Войн Клонов Мейз был элитным республиканским коммандос класса Альфа. Он никогда не нарушал приказы, был отличным бойцом и состоял в хороших отношениях с генералом-джедаем Арлиганом Зей. Во время приказа 66 он встретил раненого Арлигана и сказал, что арестует его и предаст суду. Арлиган же ответил, что ни за что не отдаст себя на суд ситхам, поэтому попросил Мейза убить его на месте. Мейз выстрелил, но немного выше головы. Клон оставил Арлигана в живых и даже переправил его в безопасное место на Мандалор. После этого он сам там же попросил убежище, из-за чего стал врагом Империи.
3) Кикс
Кикс был военным доктором в 501 легионе и не раз участвовал в сражениях. Однажды он раскрыл заговор ситхов по уничтожению всех джедаев, однако не успел обо всем рассказать, потому что был схвачен Конфедерацией и провел десятилетия в стазисе. Когда он вышел из стазиса, то узнал, что произошел приказ 66, Великая чистка и вместо Республики образовалась Галактическая Империя.
4) Грегор
Грегор был клоном-коммандос и в одном из сражений потерял память, после чего оказался вдалеке от своих людей и стал рабом владельца закусочной на планете Абафар. Там он некоторое время работал, не зная даже о том, кто вообще такие клоны. Однако однажды ему вернули память, Грегор пережил Войны Клонов и сумел вытащить свой чип, после чего присоединился к дезертировавшим капитану Рексу и коммандеру Вольфу.
5) Рекс
Рекс прошел весь свой военный путь вместе с Энакином Скайуокером и его падаваном Асокой Тано. Рекс командовал ротой Лавина, а уже после приказа 66 был коммандером Альянса.
Как и Грегор, Рекс сумел вытащить чип и больше не зависел от Империи.
6) Вольф
На одном из заданий Вольф потерял огромное количество своих людей, из-за чего перекрасил броню в серый цвет в честь своих погибших товарищей. Наравне с Рексом и Грегором Вольф вытащил чип, однако настороженно относился к джедаям и сторонился их. Однажды, встретившись с джедаем, он дал сигнал Империи, потому что боялся за жизни Рекса и Грегора. После этого он понял, что совершил ошибку и начал принимать активное участие в возрождении Республики.
7) Ордо Скирата и Кэл Скирата
Ордо Скирата был элитными республиканским коммандос. Перед приказом 66 он собирался дезертировать из армии, а во время приказа он чистил зубы. Ордо не принимал участия в убийствах, а когда встретился с генералом-джедаем Зей, хладнокровно сказал, что это был обычный приказ. Однако он не стал убивать генерала-джедая, а просто ушел, оставив его с Мэйзом. Вскоре Ордо вместе с Кэлом Скирата и другими бойцами сопровождали рыцаря-джедая Этейн и нескольких падаванов. Однако падаваны были раскрыты другими клонами и началась перестрелка, в ходе которой Этейн интуитивно закрыла своим телом вражеского клона, убить которого собирался один из падаванов. Эту картину неправильно восприняли Ордо и Кэл. Из-за смерти Этейн на них накатила волна ярости, с которой они начали убивать всех джедаев. Вскоре на Мандалоре Кэл Скирата принял генерала-джедая Зея, но после смерти Этейн доверие Кэла и Ордо к джедаям полностью угасло, хоть изначально они и ослушались приказа.