Пролог — Нами но Куни (プロローグ~波の国, Purorōgu — Nami no Kuni) — первая сюжетная арка "Наруто". В ней описывается создание команды 7 после выпускных экзаменов в Академии, первые совместные миссии, а затем миссия по эскорту мостостроителя Тазуны домой, в Нами но Куни, где происходит опасное сражение с Оникьёдай, Момочи Забузой и Хаку, Нукенинами из другого селения — Киригакуре но Сато, (霧隠れの里, "Селение, скрытое в тумане").
Чунин Шикен (中忍試験, Chūnin Shiken) — вторая сюжетная арка "Наруто", повествующая о Чунин Шикен и о прохождении его командой 7. По ходу действия, в сюжет вводятся другие сверстники Наруто и Орочимару, один из основных антагонистов на протяжении всего сериала.Крушение Конохи (木ノ葉崩し, Konoha Kuzushi) — третья сюжетная арка "Наруто", рассказывающая о вероломном нападении объединённых сил Отогакуре и Сунагакуре на Коноху для её разрушения во время одного из финальных боёв Чунин Шикен. Орочимару применяет Кучиёсе: Эдо Тенсей, за что расплачивается своими руками, а Сандайме Хокаге гибнет.Поиски Тсунаде (綱手探索, Tsunade Tansaku) — четвёртая сюжетная арка "Наруто", в которой повествуется о путешествии Наруто и Джирайи по Хи но Куни в поисках кандидата на пост Хокаге, Тсунаде. Саске сталкивается с Итачи, своим братом, уничтожившим их клан, и решает уйти к Орочимару в поисках силы, способной помочь победить