Непременное условие для ведения партизанской войны – возможность нанести удар и немедленно скрыться. Главное – местность. Брянские леса, кавказские горы или керченские катакомбы. Казалось бы, в современных условиях, при наличии радаров и самолётов,партизанская война на море невозможна. Но на побережье Адриатического моря все условия были: множество остовов, узких и длинных заливов. Небольшому судну есть, где спрятаться, а с возвышенностей удобно следить за морем. В Средние века рельефом пользовались пираты, а во время Второй Мировой - партизаны.
После капитуляции Югославии бОльшая часть побережья оказалась под контролем итальянцев. На Адриатике они проводили много каботажных перевозок. Так, в 1942 г. они осуществили более 67000 рейсов и перевезли 9,3 млн тонн грузов. Поначалу партизаны нападали на каботажные суда преимущественно с берега, обстреливая их из пулеметов и минометов. Свои суда партизаны использовали преимущественно для снабжения и перевозки бойцов.
В декабре 1942 г. была создана первая партизанская военно-морская база. Находилась она в Подгоре. Был сформирован первый морской отряд из 150 человек. Отряд располагал двумя судами “Пионер” и “Партизан”. Одно из них - “Партизан” - было вскоре потоплено итальянской авиацией.
В сентябре 1943 г. Италия капитулировала; партизаны занялись оккупацией территории. Ответ немецкого командования был решительным: уже 9 сентября из внутренних районов страны на побережье выдвинулись 5 немецких механизированных колонн. Побережье они заняли, но десантироваться на острова им не удалось. Началась борьба за острова, которая продолжилась до начала 1944 г.
В этой борьбе активно участвовали ВМС Народно - Освободительной Армии Югославии (НОАЮ). Главным образом использовались суда двух типов - т.н. «вооруженные суда» и «патрульные катера». В первую группу входили деревянные рыболовные суда и несколько малых пассажирских пароходов, захваченных в ходе боевых действий у итальянцев, водоизмещением 20-80 т. Вооружены они были автоматическими пушками и пулеметами. Водоизмещение патрульных катеров было 3-30 тонн; вооружены они были преимущественно только пулеметами.
До 27 сентября длилась оборона острова Сплит. В этот день оставшихся в живых защитников партизанские суда перевезли на о-ва Шолта и Брач. 13 ноября 200 немцев с двумя танками и 10 бронеавтомобилями при поддержке старого крейсера «Ниобе», одного миноносца и нескольких катеров высадились на остров Лошинь. После ожесточенных боев основные силы партизан пытались уйти на о. Црес на двух рыбачьих судах, но оба судна были захвачены немецкими кораблями. В тот же день немцы захватили о-ва Крк и Црес. 22 декабря немцы высадились но острове Корчула. После двух дней боев части НОАЮ были вынуждены оставить остров.
Овладев побережьем и большинством островов, немецкое командование создало управление морскими силами «Юг». Они состояли из захваченных итальянских кораблей, судов, построенных на Адриатике во время войны, а также доставленных из Германии.
20 января 1944 г. Верховный штаб НОАЮ принял решение об отходе на остров Вис и организации его обороны вместе с союзниками. С этого острова югославы предпринимали нападения против немецких сил на островах и побережье, на Вис поступали военные материалы от союзников, на нем же базировались и их легкие силы. Остров стал главной базой югославских ВМС. К этому времени они насчитывали 10 больших парусно-моторных судов, 11 пароходов и около 200 малых патрульных катеров. Были осуществлены рейды на острова Млет, Корчула, Шолта и Брач. Последняя операция осуществлялась при поддержке войск союзников - англичан и американцев. Немцы потеряли тогда 350 убитыми и 250 пленными. Потери югославов составили около 400 убитыми и ранеными, а англичан и американцев – более 150. Немецким торпедным катерам удалось потопить партизанское госпитальное судно «Марин 2», где погибло более 65 человек, в основном раненых.
К весне 1945 г., существовавшие на территории Югославии три отдельных фронта – Восточный, Западный и Южный – слились в один. В феврале в Белграде состоялась встреча маршала Тито, маршала Ф.И. Толбухина и английского фельдмаршала Г.Александера, на которой были согласованы общие действия против врага. В этой завершающей фазе войны приняла участие и военная флотилия, которая обеспечивала при поддержке сил союзников высадки войск на островах Паг, Раб, и Крк. В ночь на 29 апреля началось освобождение полуострова Истрия.
Действия на море завершились 5 мая 1945 г., когда несколько боевых судов ВМС НОАЮ отряда вошли в гавань города Трет (Триест).
Всего югославские ВМС нанесли следующие потери немцам и хорватам: потоплено три судна, действиями с берега – восемь, захвачено 13 в море и 10 – с берега.