В IV тыс. до н.э. в Азербайджане была проведена трепанация черепа. Об этом свидетельствуют результаты археологических раскопок в Чалаган-Тепе, где был обнаружен человеческий череп со следами подобной операции.
В VIII—IV вв. до н.э. медицина в древних государствах Манна, Атропатена и Кавказская Албания (территория современного Южного и Северного Азербайджана) испытывала влияние ассирийской и вавилонской медицины. Медицинская теория основывалась на зороастрийской философии, в том числе учении о четырех священных первоэлементах природы (огня, воды, земли, и воздуха). Греческая медицина и учение о темпераментах, включая труды Гиппократа и Галена, широко распространилась в эпоху эллинизма (середина IV в до н.э.—начало н.э.)
С IV в н.э. начала распространяться народная медицина, которую позже стали называть тюркачара (шаманизм, лечение с помощью магии и лекарственных трав). Врачей именовали гам (шаман) или отачи (травник), а лекарственные средства назывались ота . Богиня Оленг считалась покровительницей врачей.
После арабского завоевания (VII-VIII вв н.э.) в Азербайджан проникла исламская или греко-арабская школа медицины. Ибн Сина (Авиценна, 980-1037 гг) был наиболее авторитетным целителем на всем мусульманском Востоке, в том числе и в Азербайджане. Одна из древнейших рукописей «Канона врачебной науки» (переписана в 1143 г) хранится в Институте рукописей в Баку.
В средние века азербайджанские ученые писали труды в области медицины на староазербайджанском, персидском и арабском языках. Рукописные книги создавались каллиграфами, переплетались кожей и украшались цветными рисунками лекарственных растений, животных и минералов.
В XI в была основан Медицинский Университет в местечке Малхам около г. Шемахи—столицы государства Ширваншахов в Азербайджане. Еe основателем был Кафияддин Омар—дядя выдающегося ширванского поэта Хагани Ширвани. В университете изучали медицину, фармакологию, анатомию и другие науки.
В начале XIV в был основан медицинский центр Дар аш-Шифа (Дом Исцеления) с медицинским университетом, крупной больницей и аптекой. Этот центр располагался в городе Тебриз в Южном Азербайджане.
В 1311 г азербайджанский ученый Юсиф Исмаил оглу Хойи написал книгу «Багдадский сборник». Книга посвящена правителю Багдада и описывает несколько тысяч природных лекарственных средств и рецептов многокомпонентных лекарств. Юсиф Хойи был известен также под псевдонимом Ибн Кабир.
В XV в Азербайджане существовало более 60 крупных больниц, в том числе лечебница при дворце «Семь Раев» султана Ягуба Аккоюнлу (1478-1490) в Тебризе. В этой больнице могло лечиться одновременно около тысячи человек. Врачи прописывали больным около 900 различных рецептов. Рядом находилась и аптека, куда привозили лекарственные травы из различных стран, том числе из Индии и Китая.
В XVII-XVIII вв такие азербайджанские ученые как Муртузагулу Шамлу (сексопатолог), Абульгасан Марагаи (общая медицина), Гасан Рза оглу Ширвани (фармация), Гаджи Сулейман Иревани (фармация) и др. написали ряд трудов в области медицины и фармакологии. Они описали 724 вида лекарственных растений.
В XVIII в, в результате нескончаемых войн между ханствами (феодальными княжествами), множество больниц, аптек и медицинских школ были разрушены. Наука, в том числе медицинская, пришла в упадок.
В начале XIX в северные ханства Азербайджана (Ширванское, Бакинское, Нахичеванское, Губинское, Талышское, Карабахское. Шекинское, Дербентское и др.) были завоеваны Россией, а южные (Тебризское, Хойское, Ардебильское и др.) окончательно отошли к Ирану. С тех пор развитие медицины в Южном и Северном Азербайджане пошло разными путями. За годы российского правления (1813-1918) по всему Закавказью были основаны русские лечебницы и аптеки, однако вплоть до установления советской власти в 1920 г продолжали существовать и традиционные аптекарские пункты—аттар дукяны. В Южном (Иранском) Азербайджане по-прежнему преобладали Восточные лечебницы и аптеки.
В 1892 г азербайджанский ученый Абдул-Халиг Ахундов заложил основы научного исследования истории медицины в Азербайджане. Он исследовали и перевел с персидского на немецкий язык знаменитую фармацевтическую энциклопедию автора IX в Абу Мансура Харави. Книга была издана в Германии, а автор защитил диссертацию по истории медицины в Тартуском Университете.
В 1895 г было основано Бакинское Медицинское Общество. Основатели— др. Мамед-Рза Векилов, др. Керимбей Мехмандаров и др.
В 1918 г в результате крушения Российской Империи, была восстановлена независимость Азербайджана и учреждено министерство здравоохранения Азербайджанской Демократической Республики (АДР) во главе с др. Рафиевым. В Баку, Гяндже и других городах были открыты десятки новых аптек и больниц.
Начало подготовки медицинских кадров высшей квалификации в Азербайджане было положено в сентябре 1919 года. В тот год решением Парламента Демократической республики Азербайджана был учрежден Бакинский государственный университет в составе четырёх факультетов, в том числе медицинского. В короткое время была организована Специальная Подготовительная Комиссия под руководством видного хирурга профессора И. Разумовского. В августе того же года были проведены вступительные экзамены и так был набран первый класс студентов — будущих врачей. Ведущую роль в развитии Института сыграли ученые — профессора: И.Широкогоров, С. Давиденков, Ф. Ильин, Л. Левин, Н. Ушинский, К. Малиновский и другие. Первые 30 студентов, кто получил благородное звание врача, были выпущены в 1922. Среди них были также две молодые азербайджанские женщины: Аделя ханум Шахтахтинская, впоследствии первый доктор наук, профессор и Джейран ханум Султанова — в будущем известный практикующий врач. Из стен института выходят первые национальные научно-педагогические кадры: М. — М. Мир-Касымов, М. А. Топчибашев, А. М. Алиев, И. М. Исмаил-заде и многие другие.
Значительным шагом в развитии системы подготовки врачебных и научных медицинских кадров явилось Постановление Совета Народных Комиссаров Азербайджанской ССР от 9 мая 1930 года (за № 287/99) о реорганизации медицинского факультета Бакинского Университета в самостоятельный медицинский институт с двумя факультетами: лечебно-профилактическим и санитарно-гигиеническим. Первым ректором медицинского института был М. Н. Кадырли (1930 г.). В последующем институтом руководили Н. Д. Мамедли (1931—1932), А. М. Алиев (1932—1934), М. Д. Гусейнов (1934—1935), А. М. Алиев (1935—1938), М. А. Алиев (1938—1942), З. М. Мамедов (1943—1946), Б. А. Эйвазов (1946—1964), Х. Гасанов (1964—1968), В. Меджидов (1968—1972), З. Д. Мамедов (1983—1992). С 1992 года во главе Азербайджанского медицинского университета стоит лауреат Государственной премии, действительный член Польской академии наук, член Ассоциации Всемирных Онкологов и Европейской Ассоциации Восстановительной Хирургии, заслуженный деятель науки, доктор медицинских наук, действительный член Национальной Академии Азербайджана, профессор А. Т. Амирасланов.
С первых дней работы института государством принимается решение организовать сектор с преподаванием на азербайджанском языке. К этому времени создаются новые кафедры, издаются первые учебники и руководства на национальном языке, по которым обучались тысячи азербайджанских юношей и девушек.
Медицинский Институт не прекращал свою работу и в годы Второй мировой войны. Институт готовил врачей для фронта, а также оказывал большую практическую помощь эвакуационным госпиталям. За 1941—1944 годы институт подготовил 2082 врача.
В 1920 г Азербайджанская Демократическая Республика пала и в Азербайджане было сформировано советское правительство во главе с Нариманом Наримановым—врачом по специальности. Первыми народными комиссарами здравоохранения АзССР были врачи—Агагусейн Кязимов (с 1920 по 1921) и Мир-Мовсум Гадирли (с 1921 по 1935).
В 1920-1991 гг в Азербайджане были основаны сотни новых поликлиник, больниц и аптек. Всемирную известность получили такие ученые-медики как акад. Мирасадулла Миркасимов, акад. Мустафа Топчибашев, проф. Алибек Алибеков, проф. Камил Балакишиев и др.
С 1991 года по настоящее время в Баку и практически во всех районах центрах Азербайджана открыты десятки медицинских центров, оснащенных современными оборудованиями.
В 2004 г была основана Азербайджанская Ассоциация Историков Медицины (ААИМ).
В 2005 г ААИМ была принята в состав Международного Общества Истории Медицины со штаб-квартирой в Париже (ISHM, Paris).
В 2005 г ЮНЕСКО включило три средневековые медицинские рукописи из Института Рукописей в Баку в регистр программы Память Мира, включающий наиболее выдающиеся письменные памятники человечества.
1-2 февраля 2005 г в Баку состоялась Первая Национальная Конференция ААИМ.
12-14 июня 2006 г в Баку была проведена Первая Международная Конференция «Традиционная Медицина и Фармакология в Средневековых Рукописях».
Дополнения.
1. К числу знаменитых средневековых врачей относится выдающийся ученый, уроженец города Хой в Южном (Иранском) Азербайджане Юсиф ибн Исмаил Хойи, известный также под псевдонимом Ибн Кабир и написавший в 1311 г. книгу под названием "Джам ал-Багдади" ("Багдадский сборник"). Книга считалась лучшим сводом знаний по фармакологии и была известна на всем мусульманском Востоке от Марокко до Индии. Талантливым врачом конца XVIII в был Абульгасан Марагаи, родившийся в городе Марага в Южном Азербайджане. До нас дошел его фундаментальный труд "Муалиджати мунфарида", в котором автор повествует о лечении почти всех известных в то время заболеваний и описывает сотни видов лекарственных растений.
2.К началу XIX в. столица Карабахского ханства г. Шуша превращается в важнейший культурный центр Азербайджана. Знаменитый карабахский врач из Шуши, Ахунд Мирза Садиг Лятиф оглы Лятифов (умер в 1901 г), учился медицине у прославленного целителя Абульгасана Хекнмбашы в г. Тебризе (Южный Азербайджан). Вернувшись в Шушу, Мирза Садиг стал известным на весь Азербайджан врачом. К нему стекались пациенты со всего Азербайджана.
3.Наджмаддин Нахчывани-вазир Кейкавуса 11 писавший коммент. к работам ар-Рази и Ибн Сины, Хубейш ат- Тифлиси-автор 30 трактатов по медицине, филологии, астрономии и пр., Газанфар Табризи (кон. .Х111-нач.Х1Увв.)-автор теоретических комментариев к Ибн Сине,Экмаледдин Муаяд ал-Нахчывани лечивший Мовлану....... .Эти и другие имена азербайджанцев -великих врачей вписаны золотыми буквами в анналы истории медицины Востока..
