В Летнем саду растут самые старые деревья и им повезло выстоять в наводнения и блокаду Ленинграда. Самый старый дуб сохранился напротив Чайного домика, ему около двухсот восьмидесяти лет и он отмечен табличкой. Вдоль Парадного партера можно видеть липы с искореженными стволами, с «бородавками»-капами. Они так же очень старые. Очевидно, что их лет двести назад стригли шариком для регулярного сада.
Сохранились несколько каштанов у ограды Шарлеманя. «У Шарлеманя» означает «у ограды Летнего сада со стороны Михайловского замка».
Вязы почти все пропали из-за болезни, есть последний из сохранившихся в Красном саду.
При реконструкции сада в барочное состояние крона его местами поредела. Были убраны 126 деревьев, но посажены взамен 13 тысяч шпалерных лип. Это почти восемь километров.
Ель и дуб, была любимым деревом Петра. После реконструкции посажены 104 дерева ценных пород, из них 43 ели в «Крестовом гульбище».
Интересно отметить, что боскет "Крестовое гульбище" в плане имеет вид косого Андреевского флага. Боскеты - это квадраты зеленого массива, со всех сторон закрытые шпалерной посадкой из зеленых насаждений вдоль решетки. В Летнем саду находится несколько боскетов. Боскет "Крестовое гульбище" представляет собой две крытые аллеи, которые пересекаются между собой образуя крест.
Боскеты в регулярном саду теперь закрыты шпалерами зелени, поэтому внутри образуются замкнутые пространства, куда не пройдут посетители сада. Теперь у птиц помимо дуплянок и скворечников появилось много новых мест для гнездовий.
Плодовых деревьев, которых было много в XVIII веке, в саду теперь нет. Сегодня из-за крон старых деревьев им не хватило бы света.
Плодовых кустов — барбарис, бузина, бересклет, калина, смородина — высажено больше 4 тысяч. Лещина хорошо прижилась и дает хороший урожай, всегда много орешков.
Для обрамления партера рядом с Фонтаном «Коронный», созданный по проекту архитектора Земцова, высадили бруснику! А не самшит, как в Петровские времена. Брусника формой листиков похожа на самшит, принятый в европейских регулярных садах. Брусника в отличие от самшита морозоустойчива.
В Красном саду растут в кадках померанцы,лимоны и мандарины.
Померанцы, лимоны, мандарины растут в оранжереях и выносятся на воздух только в летнее время.
Есть и лавры — обязательное дерево для императорского сада. Также барочный облик сада определяют стриженные пирамидки и шары буксусы (самшиты). В белых керамических вазах высажены цветы. Рисунок этих ваз, с кобальтовым двуглавым орлом, воссоздан по осколкам, найденным при археологических раскопках.
Цветов в новом Летнем саду не много — главным образом в Аптекарском огороде (Красный сад). Зато внутри боскетов посадили большое количество ягодных кустарников барбариса, жимолости, спиреи. Кустарники и крупномерные деревья привезли из Германии. Так что в будущем, как надеются садоводы, здесь поселится много полезных птиц, которые должны потеснить отсюда ворон.
За деревьями в саду следят специалисты Лесотехнической академии. Фитопатологи оценивают состояние дерева по шести балльной шкале. Шесть баллов — это уже мертвое дерево. Перед реконструкцией деревья обследовали и определили, что восемьдесят процентов деревьев Летнего сада были больны. Как же их лечили? Вырезали сухие ветки, все дупла были санированы, закрыты сеткой и козырьками. Проводили регулярную подкормку. Такая же работа по лечению деревьев была проведена и в Михайловском саду.
Некоторые деревья выглядят буквально как сказочные монстры: огромные дупла, уродливые наросты на стволе. Это прежде всего касается лип.Такие дупла образуются в результате повреждений. Это бывшая морозобойная трещина, от сильных морозов сок внутри превращается в лед и разрывает ткань ствола. Сначала образуется тонкая трещина, потом она разрастается. В трещину попадают грибки, инфекция. Специалисты сегодня обрабатывают дупла и трещины специальными составами. Удаляют инфекцию и дерево потом нормально живет.
Затем трещины и дупла стягивают стяжками, и постепенно рана затягивается. Дерево живое, поэтому нарастает свежий камбий, это свежая древесина. В советское время дупла просто заливали цементом и дерево гибло!