В 1902 году священник Гапон, закончивший после нескольких неудачных попыток, Духовную семинарию, получил должность священника церкви Михаила Черниговского при Петербургской пересыльной тюрьме. Гапон, который был лично знаком с Иоанном Кронштадским, в том числе под влиянием последнего, хотел создать сеть благотворительных православных организаций.
В это время в России, в которой завершился промышленный переворот, многократно возросло количество рабочих в городах. Положение рабочих, условия их труда и жизни, были очень тяжелы. Еще в 19 веке вспыхивали восстания на фабриках, сейчас же, когда количество рабочего класса кратно возросло, государство начало более пристально следить за их настроениями.
Начальник полиции города Санкт-Петербурга - С.В. Зубатов , решил создать рабочие организации, подконтрольные государству - они получили название Зубатовских. Они должны были объединять рабочих для просвещения и взаимопомощи и одновременно противостоять революционным партиям, призывавшим их к борьбе с самодержавием.
Священники, которые традиционно пользовались авторитетом среди населения, активно стали привлекаться к работе зубатовских ячеек. Одним из таких священников стал Гапон, он начал принимать активное участие в деятельности организации "Общество взаимопомощи рабочих механического производства г. Санкт-Петербурга".
Гапон читал лекции рабочим, проповеди, однако взгляды Гапона на рабочий вопрос отличались радикализмом, он пытался вырваться из под государственного контроля.
В это время сам Зубатов вступил в ссору с министром внутренних дел В.К. Плеве, попал в опалу и был выслан из столицы. Перед своим отъездом, Зубатов попросил Гапона не бросать рабочих, и тот выполнил обещание.
Сразу после отъезда Зубатова, священник Гапон собрал кружок инициативных рабочих и предложил им создать новую организацию, положив в её основу принцип рабочей самодеятельности , существенно ограничивавший вмешательство в дела департамента полиции.
В феврале 1904 устав общества был утверждён министерством внутренних дел, и оно начало работать под именем «Собрания русских фабрично-заводских рабочих г. Санкт-Петербурга». Гапон обещал рабочим, что их участие в «Союзе» не повлечет для них неприятных последствий , ведь организация была легально зарегистрирована. Действительно, за всё время деятельности "Собрания" никто из его членов не был арестован.
В начале рабочие не хотели доверять Гапону, так как помнили о его связях с полицией, однако он смог убедить их во всей серьезности своих намерений.
В декабре 1904 года на Путиловском заводе были заявлены к увольнению четверо рабочих — членов "Собрания". Расследование показало, что причиной расчёта стало враждебное отношение администрации к стремительно растущей рабочей организации. На собрании было постановлено послать три депутации — к директору завода, старшему фабричному инспектору и градоначальнику, и потребовать восстановления уволенных рабочих. В противном случае рабочие угрожали объявить забастовку.
Депутации к должностным лицам не имели успеха,и 2 (15) января было принято решение начать забастовку. К 5 (18) января Общая численность бастующих достигла 26 тысяч человек, забастовкой руководили отделы "Собрания" (которое к тому времени имело разветвленную сеть : 11 отделений). Гапон ездил по отделам, произносил речи и призывал всех рабочих поддержать путиловцев. По всем предприятиям Петербурга за подписью Гапона распространялись листки со списком требований, многие из которых вошли в текст Петиции.
7 и 8 января к забастовке присоединились десятки предприятий, и она превратилась во всеобщую. Всего в забастовке приняло участие 625 предприятий Петербурга со 125 000 рабочих.
5 (18) января Гапон с членами «Союза» начал составление Петиции. Петиция содержала в себе следующие требования:
введение 8-ми часового рабочего дня,
политически права и свободы,
равенство всех перед законом и судом,
выход России и з войны с Японией и тд.
На следующий день, 6 января Гапон выдвинул идею обращения к царю "всем миром". Идея мотивировалась тем, что петицию, принесённую всем миром, нельзя будет замолчать и положить "под сукно».
В отделах "Собрания" начались чтение и сбор подписей под петицией. Тысячи рабочих с утра до вечера наполняли отделы. Гапон разъезжал из отдела в отдел, произносил зажигательные речи, читал и толковал петицию. В ночь с 7 на 8 января Гапон встретился с представителями революционных партий и уговорил их примкнуть к шествию.
9 января колонны рабочих со всех концов города двинулись к Зимнему дворцу. Всего в шествии приняло участие до 150 тысяч человек. Гапон возглавлял колонну, шедшую от Нарвского отдела. Перед началом шествия он обратился к собравшимся со словами: "Если царь не исполнит нашу просьбу, то значит у нас нет царя" — и дал сигнал к выступлению.
Рабочие шли плотно, с непокрытыми головами и пением религиозных молитв. Впереди несли иконы, хоругви и портрет императора. Так началось печально известное Кровавое Воскресенье. Император, узнав о начале шествия, уехал из Зимнего Дворца, отдав приказ подавить восстание. По рабочим открыли оружейные залпы. Гапон, получивший ранение в руку, был уведён с площади и спрятан на квартире Максима Горького, а после переправился за границу - в Женеву.
Фигура Гапона после этих событий приобрела международную известность. В эмиграции он встречался с российскими социал-революционерами, проживающими в изгнании: Плехановым, Лениным. Гапон ознакомился с программами эсеров и РСДРП, однако решил ни в дну из партий не вступать.
В феврале 1905 Гапон выдвинул идею объединения всех революционных партий для вооружённого восстания. С этой целью он вступил в переговоры с представителями большевиков, меньшевиков, эсеров и других революционных групп. Сам Гапон писал революционные воззвания, в которых призывал к свержению самодержавия и истреблению царской династии.
Весной-летом 1905 Гапон возобновил связи с рабочими, проживавшими в России, и предложил им идею создания беспартийного рабочего союза.
После Манифеста 17 октября, в России были провозглашены политические права и свободы граждан, объявлена амнистия политическим заключенным - Гапон стал думать о возвращении в Россию. Уже в ноябре 1905 года он нелегально вернулся в Петербург.
В Петербурге Гапон вступил в переговоры с С.Ю. Витте, которого он заверял, что разочаровался в партийных революционерах, и выступает против вооруженного захвата власти.
По итогам переговоров между Гапоном и Витте было заключено соглашение, по которому Витте обязался открыть 11 отделов "Собрания" и возместить им убытки в размере 30 тысяч рублей, а Гапон вести агитацию против вооружённого восстания. Однако Гапону было отказано в немедленной амнистии; он должен был выехать за границу и не возвращаться до января 1906 года. По соглашению с Витте Гапон составил воззвание, в котором предостерегал рабочих от вооружённого восстания и влияния партийной пропаганды.
Однако после того, как революционные события в стране пошли на спад, после подавления декабрьского вооруженного восстания в Москве, государственная политика в отношении «Союза» была вновь изменена - отделы «Союза» стали закрываться. Против Гапона, который вынужденно находился за границей, стали распространяться слухи о том, что он «продался» Витте, получив от него деньги, что он предал рабочих организации и тд. Влияние Гапона падало, рабочие стали уходить из «Союза», священник пытался обелить себя и восстановить свое влияние.
В начале января Гапон вернулся в Петербург. У него состоялась встреча с представителем департамента полиции - Рачковским. Рачковский сообщил Гапону, что правительство ему не доверяет и не имеет никаких гарантий его лояльности. Поэтому он должен предъявить доказательства, что у него больше нет революционных намерений. В качестве доказательства Гапон согласился сотрудничать с полицией, докладывать о деятельности социал -революционеров.
За это решение Гапон поплатился жизнью : эсеры решили убить «предателя» . Они заманили Гапона на дачу под Петербургом, там его ждало несколько рабочих, Гапон был повален на пол, связан и задушен бельевой верёвкой, а его тело подвешено на крюк вешалки. По факту убийства было возбуждено уголовное дело, которое, однако, не привело ни к каким результатам, убийцы так и не были найдены.