Коллегиальная церковь Сен-Андре в Шартре стоит на фундаменте еще галло-римского периода. В V столетии на развалинах амфитеатра святой Эньян Орлеанский заложил церковь. Позднее остатки римского сооружения были найдены в подземной часовне храма. На месте той церкви была построена другая, которая сгорела в пожаре в X столетии. Новое сооружение на этом месте было возведено спустя два столетия и тогда же было передано в управление коллегии из двенадцати каноников, поэтому и получило статус коллегиальной церкви.
Первая церковь, построенная святым Эньяном, располагалась за пределами Шартра, но потом, когда город разросся, она оказалась внутри городских стен. В настоящее время церковь можно обнаружить совсем рядом с кафедральным собором, на площади Святого Андрея.
Отличительной особенностью церкви являлись две арки, поддерживавшие хор церкви. Одна из них была построена в XIII веке и была переброшена через реку, а вторая появилась в XVII столетии и зависла над улицей, став также опорой для часовни Богоматери.
Великая Французская революция превратила церковь в фуражный склад, напротив которого разместились казармы. В это же время был снесен шпиль церкви, а в первой половине XIX столетия разрушили часовню Богоматери и хор, а также арку через реку. Во второй половине того же века церковь была повреждена во время пожара. Ближе к концу XIX столетия здание стало муниципальной собственностью.
Еще один пожар произошел в этом здании в конце Второй мировой войны, когда отступавшие фашисты подожгли склад с продовольствием. После всех этих событий от церкви сохранились только те части, которые были возведены в XIII веке. В начале нынешнего столетия была начата их реставрация.
Сегодня в церкви Святого Андрея проходят благотворительные ярмарки и культурные мероприятия.