Возникновением храма святого Яна Непомуцкого город Пльзень обязан ордену монахов-редемптористов. Эти святые отцы появились в столице Пльзеньского края в начале XX века и сразу завоевали доверие прихожан.
Первые службы проходили в здании, совершенно не приспособленном для молитв: на вилле Ванькова, которая расположена на Клатовской площади. Видя неустанный рост своей паствы, редемптористы подняли вопрос о строительстве собственного храма. Разрешение на возведение храма было получено, но вот средств на это не хватало. Благодаря пожертвованиям неравнодушных людей, удалось собрать небольшую сумму денег, позволившую начать строительство. Первый камень фасада был заложен в 1908 году. Через некоторое время стало понятно, что требуются гораздо большие вливания денег, чем планировалось изначально. Часть средств поступила от продажи продуктов на ярмарках, часть собрали прихожане. В итоге, костел святого Яна Непомуцкого получился гораздо скромнее планируемого храма.
Портал обрамляли две башни высотой 63 метра, в каждой из которых находилось по два колокола. Во время Первой мировой войны половина колоколов была переплавлена на орудия. После военных действий колокола восстановили. Первое богослужение в храме, созданном в неороманском стиле, состоялось в 1911 году.
Лепнина, которой украшен фасад церкви, изготовлена местным мастером Войцехом Шипом. Три храмовых алтаря выполнены в Прагу в мастерской Ф. Кадержабки. Многие предметы церковного интерьера созданы по эскизам Яна Кастнера.
Перед Второй мировой войной рядом с храмом построили монастырь для редемптористов. Сейчас в нем располагается полицейское управление.