Строительство Предтеченского храма в Афинеево было начато Александром Протасьевым — владельцем села; в начале XVIII века его сын Михаил достроил каменное здание. Точнее, именно при М. Протасьеве и были произведены основные строительные работы, так как его отец осуществил только закладку храма.
В середине того же века село стало собственностью рода Волынских. Они владели им в течение нескольких десятилетий. В этот период времени храм был покрыт железной крышей. Необходимо также упомянуть о строительстве каменного барского дома. Он был возведен Захаром Волынским поблизости от церкви. Этим же владельцем села была сменена одна из глав храма.
В 80-е годы того же столетия была построена новая колокольня взамен старой, обветшавшей и разобранной. Новое здание сохранилось до наших дней. Была надстроена одна из апсид, возведен портик с четырьмя колоннами. Один из приделов церкви был переосвящен.
Позже село перешло в собственность семьи Бахрушиных. По воспоминаниям Алексея Бахрушина, основателя московского театрального музея, в храме в тот период времени находилась достаточно необычная деревянная скульптура в человеческий рост. Она была расположена в нише, отгороженной решеткой от основного помещения церкви. Эта ниша символизировала темницу, а скульптура изображала Христа перед казнью.
В отличие от многих подмосковных церквей, в период советской власти храм оставался действующим, по этой причине здание не подверглось разрушению. Сегодня в нем также проходят регулярные богослужения (по воскресеньям и церковным праздникам), открыта воскресная школа.