Храм, возведенный в честь александрийского архиепископа Афанасия Великого, является одним из наиболее старинных храмов города Керчи, его место расположения - склон горы Митридат. В то время в Керчи проживало множество православных греков. Афанасий Ставрович Маринаки оставил завещание, согласно которому были выделены средства в количестве 15 000 рублей, на которые и была возведена церковь возле городского кладбища, освященная в честь его небесного покровителя. И сегодня его потомки посещают иногда этот храм.
Городское кладбище занимало северный склон Митридат, обнесено оно было каменным забором, надгробия были дорогими, изготовленными из мрамора. За кладбищем тщательно ухаживали, оно было засажено различными деревьями и кустами сирени. Здесь находился памятник Ф.С. Томазини и протоирею Иоанну Кумпану. Самое высокое место занимали могилы преподавателей, где каждый год совершались панихиды в присутствии учителей и учащихся местных гимназий. От большой арки аллея вела прямо к храму. Вдоль аллеи, недалеко от церкви, располагались захоронения участников Крымской войны, где покоился и герой обороны Севастополя генерал-лейтенант А.О. Сабашинский. Сегодня на месте этого кладбища находится пустырь.
Фасад церкви украшала мемориальная доска из мрамора, на которой была выбита греческая надпись с основными сведениями о храме: дата строительства и освящения, имя жертвователя и имя святого покровителя.
Закрыта кладбищенская церковь была в 1923 году 31 октября по причине сноса кладбища, затем была открыта в виде приходского храма и вновь закрыта в 1937 году по решению местных властей. Открыли ее лишь в период немецкой оккупации для солдат из Румынии, и с тех времен она действует постоянно.
Вследствие боев здание церкви было повреждено осколками снарядов, после чего его отреставрировали. Сейчас во дворе храма разбит небольшой садик, есть старые могилы, среди которых много безымянных, работает сторожка воскресной школы и церковная лавка. Изнутри храм сравнительно небольшой и вмещает порядка 350 человек. В храме очень много икон, большинство из которых составляют старые иконы, принесенные прихожанами в послевоенное время. Особенно удивителен образ из мозаики Спаса Нерукотворного и икона Богоматери византийского письма. Среди современных святынь интересны красивые и богато оформленные иконы Святого чудотворца Крымского Луки с частицей его мощей и Почаевской Божьей Матери.