Самые конфликтные последователи двух учений – дзен и христианства – поджигали чужие храмы и церкви, но многие дзен-буддисты и христианские миссионеры сумели преодолеть разногласия и стали друзьями. Результатом этой дружбы стало принятие некоторыми последователями дзен, в том числе, и части высшей аристократии, христианства. Многие христианские проповедники, в свою очередь, были в восторге от японской культуры и охотно меняли свой образ жизни, приводя его в соответствие местным традициям.
Но в начале XVII века христиане в Японии подверглись политике гонений, а буддизм был взят под жесткий контроль правящей верхушкой. Такая зависимость от государства привела к повышению стабильности и постройке новых буддийских храмов, но внутреннее содержание буддизма было утеряно.
Главным, кто позднее помог возродиться школе Риндзай в ее первоначальной строгости и чистоте, стал Хакуин, проповедующий учение дзен в доступной для обычных необразованных людей форме.
В начале XX века традиционной японской религией был признан синтоизм. В этот период отмечался упадок школы дзен в Японии, но одновременное зарождение интереса к учению на Западе.
В наши дни японский дзен насчитывает приблизительно 20% буддийских храмов страны. Наиболее влиятельными школами являются Сото (ей принадлежит около 15 тысяч храмов) и Риндзай (примерно 3 тысячи храмов).
Также в Японии существует школа дзен Санбо Кёдан, иначе называемая «Орден трёх сокровищ», основанная в 1954 году Ясутани Хакууном. Эта дзенская школа критикует деятельность Риндзай и Сото и, несмотря на свои скромные размеры, оказывает немалое влияние на западный дзен.
На Западе дзен длительное время был значительно популярнее других восточных учений, но с приходом туда тибетского буддизма интерес к первому стал ослабевать. В наши дни в Европе действует около 450 групп дзен, 60 из которых находятся на территории Германии. Много дзенских школ есть во Франции, Нидерландах, Бельгии, Великобритании, Швейцарии, Италии.
В СССР интерес к дзен проявился только к концу 60-х годов прошлого века благодаря произведениям Сэлинджера, Уотса, Судзуки и Завадской, а также появившимся в Союзе книгам, посвященным японскому и китайскому искусству (поэзии, живописи). Позднее дзен стал интересен спортивной аудитории из-за набирающих в стране популярность восточных боевых искусств.
В наше время в адрес дзен-буддистов сыпется немало критики со стороны представителей христианства и различных исследователей. Первые считают учение дзен атеизмом, называют его «религией смерти» и опаснейшей сектой, способной привести человека к безумию.
Вторые критикуют сотрудничество дзен-буддистов с японской армией на поле боя в период Второй мировой войны, высмеивают деятельность современных буддийских храмов и называют дзен антигуманным учением, безразличным к окружающим.
Но несмотря на это дзен остается самым открытым и одним их популярнейших направлений всего восточно-азиатского буддизма с миллионами последователей по всему миру.