Кирилло-Челмогорский монастырь является упразднённым монастырем. Он располагается к юго-востоку от деревни Морщихинская Каргопольского района Архангельской области между озерами Лекшмозеро и Монастырским. Сейчас от монастыря сохранились только руины.
В 1316 году святой Кирилл Челмогорский, монах новгородского Антониева монастыря, постоянно проживал на горе Челма, принадлежащей чудским землям. В пещерке он провел первую зиму, позже построил деревянную келью и часовню. К концу жизни святого Кирилла все местное население было окрещено. Для новообращённых преподобным была построена церковь в честь Богоявления. Умер святой Кирилл в декабре 1368 года. Через 10 лет после его кончины, в 1378 году иеромонах Арсений основал Кирилло-Челмогорский монастырь.
В XV веке был возведен новый Богоявленский храм с приделом во имя великомученицы Екатерины. Иван IV Грозный подарил Кирилло-Челмогорскому монастырю пахотные земли, поля под покосы, леса, озёра и маленькие речки и велел передавать монастырю часть доходов Каргополя. Есть версии, что в этот монастырь была отправлена одна из жен Ивана Грозного. В 1599 году здесь насильно были пострижены жена Дмитрия Курлятева-Оболенского и 2 его дочери. В 1612-1615 годах монастырь не раз опустошали литовцы. В 1633 году митрополит Новгородский и Великолуцкий Киприан выдает Кирилло-Челмогорскому монастырю грамоту с благословением на постройку двух храмов: Богоявленского и Богородицкого. В 1637 году монастырь получает еще одну грамоту с благословением на возведение III храма над Святыми воротами во имя Великомученицы Екатерины. Храм святой Екатерины не упоминается в летописях после 1656 года, вероятно, он сгорел. В 1674 году погибла в пожаре Благовещенская церковь, и на ее месте была воздвигнута Успенская. Кроме этого, у монастыря было своё подворье в городе Каргополь.
В 1727 году обедневший Кирилло-Челмогорский монастырь приписали к Спасо-Каргопольскому. В 1732 году монастырь стал независимым, но в 1751 году он был снова приписан к Спасо-Каргопольскому монастырю. В 1764 году, по указу Екатерины II, Кирилло-Челмогорский монастырь был ликвидирован. Две монастырские церкви превратились в приходские. В 1844-1845 годах на месте старого Богоявленского храма купец Михаил Николаевич Лыткин построил новый Богоявленский собор с приделом во имя святого Кирилла Челмогорского. В 1845 году здания бывшего монастыря были отданы Александро-Ошевенскому монастырю.
В 1880-х годах Челмогорским монастырем была получена относительная (но официально не подтверждённая) самостоятельность. В 1880 и 1887 годах он переживает пожары. Богоявленскую церковь вновь перестраивают в 1897-1899 годах. В 1904 году Святейший Синод дарит монастырю независимость. В 1917 году Митрополит Петроградский Вениамин благословляет строительство подворья Кирилло-Челмогорской Богоявленской пустыни в Петрограде. В июне 1918 года здесь провели освящение часовни во имя священномученика Ермогена.
В 1932 году, после задержания монахов и духовенства, Кирилло-Челмогорский монастырь был навеки упразднен, деревянные монастырские постройки разобраны, включая Успенскую церковь. В настоящее время от бывшего монастыря остались лишь руины. В 2005 году епископом Архангельским и Холмогорским Тихоном был освящен неподалёку от места, где стоял монастырь, поклонный крест в память святого Кирилла Челмогорского.