Храм в честь Преображения Господня расположен в Калуге, на улице Смоленской на въезде в город, в месте, которое находится за Березуевским оврагом и называется «Завершье». Поэтому его еще называют «что за верхом».
В 1626 году Преображенский храм находился в крепости и на свое нынешнее место был перенесен в 1685 году. До 1700 года храм был деревянным, потом был перестроен в камне. Колокольня была построена в 1776-1778 годах. Купец Захар Сорокин в 1804-1810 годах устроил приделы в честь святителя Николая Чудотворца и преподобного Нила Столобенского.
Все фасады четверика храма до начала 19 века сохраняли свои первоначальные детали, но потом их скрыли под слоем штукатурки. Из-за этого вместо кокошников под кровлей здания с трех сторон в настоящее время можно увидеть небольшие полукруглые ниши (в них до революции располагались изображения святых). Помимо кокошников, под классическим обликом здания скрыты уникальные кирпичные узорные карнизы, которые в Калуге являются единственными керамическими наличниками окон «петушиный гребень», типичных для нарышкинского барокко конца 17 века.
Колокольня храма имеет три яруса. Стены трапезной изнутри полностью были расписаны. Сохранившаяся до настоящего времени роспись алтаря и иконостас были выполнены в 18 веке.
Духовенство Преображенской церкви постоянно занималось духовно-просветительской и благотворительной деятельностью. В 1898 году настоятель храма Алексий Макаров открыл церковно-приходское попечительство. В 1899 году в селе Анненки открылась школа грамоты. Подобная школа функционировала при храме на Смоленской улице. К церкви относилась часовня святителя Николая в Березуевском овраге на источнике «Здоровец».
В 1930-х годах в Преображенской церкви служил епископ Павлин, впоследствии признанный великомучеником. В 1938 году храм закрыли, в его здании размещалась типография, складские помещения и прочие учреждения. В сентябре 1993 года храм передали Калужской епархии, и он стал подворьем Боровского Свято-Пафнутьева монастыря. В августе 1994 года наместником Свято-Пафнутьева монастыря стал игумен Гавриил. И в храме отслужили первую Божественную литургию.
В настоящее время Преображенская церковь отреставрирована, внутреннее убранство обновлено.