Старинный город Данфермлин – древняя столица шотландского королевства. Первое письменное упоминание о городе сообщает, что в здешней церкви венчались король Шотландии Малькольм III и Маргарита. Малькольм провозгласил Данфермлин столицей, и святая Маргарита, а впоследствии ее сын король Давид, приложили много усилий для того, чтобы административный центр страны стал также центром религиозным.
Аббатство было основано при Маргарите, но основное строительство шло во время правления Давида I. Монастырь получил название аббатство Святой Троицы и святой Маргариты. Сердце аббатства – его церковь, часть фундамента 1128 года сохранилась до сих пор. Аббатство было разрушено войсками Эдуарда I в 1303 году во время войны за независимость. Интересно, что английские солдаты, которые особо не церемонились с приграничными монастырями, разрушили только вспомогательные постройки, но не тронули саму церковь. Большую помощь в восстановлении аббатства оказал Роберт Брюс, тогдашний король Шотландии. В 1329 году он был похоронен в Данфермлинском аббатстве.
Во времена Реформации, в 1560 году, аббатство, как и многие другие, было разрушено, однако его взял под свое покровительство король Яков VI и передал аббатство в дар своей супруге Анне Датской. Та пригласила для восстановления аббатства архитектора Уильяма Шоу, но его результатом его работы стало, в основном, превращение гостевого дома аббатства в королевский дворец, основную резиденцию Анны Датской.
В 1821 году разрушенная восточная часть аббатства была перестроена в новую церковь.
На протяжении многих лет аббатство служило королевской усыпальницей. Здесь похоронены сама святая Маргарита, король Роберт Брюс, многие другие короли и королевы. Могила святой Маргариты – популярное место паломничества верующих с момента ее захоронения в 1093 г.