Внимание! Дальнейшая ветка истории сюжета берёт своё начало с прошлой статьи, если вы её ещё не читали, рекомендую ознакомиться(ссылка).
В начальном видеоролики Стрелок уже зомбированный и передвигается на “Грузовике Смерти”, но в грузовик бьёт молния и горящая машина переворачивается с мёртвыми агентами, информацию о которых можно получить в конце игры.
После этих событий прошло уже некоторое время и неизвестный сталкер обследует место взрыва грузовика, обыскивая тела он замечает всего одного живого человека это и есть Стрелок, но он забыл всё. Сталкер приносит подобранного Стрелка к Сидоровичу и обыскивая Стрелка единственное ценное что находит Сидорович это КПК сталкера с единственной запись “KILL THE STRELOK”, но Стрелок забирает его обратно и снова падает в обморок. А не зная кто это, решили кличку ему дать “Меченый”.
Отлежавшись в небольшом бункере Сидоровича Меченый приходит в себя и узнаёт о произошедшим, и теперь Меченому придётся выполнить небольшую работу за спасение его жизни. Первое задание это принести флешку, которая находится у Шустрого, а Шустрый находится в заложниках у бандитов на АТП поэтому Меченый берет амуницию у главного лагеря новичков “Волка” и с Петрухой и его отрядом идёт штурмовать АТП после удачного штурма Шустрый отдаёт Меченому флешку и отдав Сидоровичу флешку задание является выполненным и Сидорович даже вознаградит Меченого небольшой информацией о Стрелке. Сидорович предлагает помощь по поиску Стрелка, но замен Меченый должен выкрасть документы с базы военных, явно в этих документах идёт речь о центре зоны, и о клан дайке артефактов так нужный торговцам, но огороженный выжигателем мозгов. Меченый соглашается и пересекает железнодорожную насыпь, чтобы экономить 500 рублей не отдавая их военным за переход. Впоследствии с Меченым связывается Сидорович по рации и говорит, что сталкер по кличке “Лис” возможно знает некоторую информацию о Стрелке и что он попал в беду и надо ему помочь отбиться от собак. После оказание помощи Лис посылает Стрелка к сталкеру Серому на Свалке. На пути к Свалке встали отряды бандитов, которые забрали в заложники сталкера. После освобождения которого Меченый получит информацию что группе сталкеров на кладбище технике нужна помощь по защите от нападения бандитов, не бесплатно конечно же. Серый отправляет Меченого к сталкеру Крот находящийся сейчас на НИИ Агропроме. На НИИ Агропроме Меченому придётся отбивать Крота у военных с отрядом вольных сталкеров. Отбив Крота он сообщает координаты тайника Стрелка где Меченый узнаёт нужную информацию, уникальный автомат, и снаряжение. Но просто так Меченый не проходит ему, приходится зачищать подземелье от:”Бандитов, Военных, Мутантов”. Из мутантов можно отметить кровососа и контролёра. Выбравшись из подземелья Меченый удачно попадает на базу военных, где выкрадывает документы и несёт их Бармену в бар. Бармен говорит что в документах упоминается лаборатория X-18, чтобы туда попасть надо два электронных ключа один Меченому даёт Бармен, а другой придётся силой забирать у Борова лидера бандитов в тёмной долине. Перейдя в тёмную долину Меченый встречает долговца по кличку “Пуля”, Пуля перестрелял отряды бандитов и допрашивает последнего раненого бандита куда увели его друга, потом Пуля просит Меченого помочь ему устроить засаду на бандитов и спасти его друга за небольшую награду.
Меченый соглашается убивать бандитов и получает награду прицелом.
После Меченый проникает на базу бандитов освобождает попавшего в плен долговца и насильственным путём забирает второй ключ от лаборатории у Борова. Перед входом в лабораторию Меченый зачищает бандитов и спустившись в лабораторию находит документы. Сидорович сообщает что лабораторию атакуют военные и все пути на свалку перекрыты и к Бармену придётся идти через Кордон.
Прочитав документы Бармен говорит что не хватает документов и рассказывает про озеро Янтарь и учёных изучающих пси-излучения, более важная информация что там находится лаборатория X-16 в которой могут быть недостающие документы. Меченый выдвигается на Янтарь путь лежит через дикую территорию. На дикой территории Меченого замечают наёмники и говорят что надо поворачивать назад иначе они начнут стрелять, но Меченый не простак и расправляется с наёмниками, далее наёмники сбили вертолёт военных и напали на учёных которые просят убить наёмников и сопроводить их до бункера. Меченый расправляется со всеми наёмниками сопровождает учёных до бункера .
На Янтаре Меченный знакомится с профессором Сахаровым. Сахаров говорит чтобы настроить пси-шлем защищающий от пси-излучения нужно сделать замеры, но Круглов коллега Сахарова отказывается идти один и Меченому придётся его сопровождать. Сахаров настроив пси-шлем говорит что лабораторией Х-16 занимался Васильев который, ушёл в поход, чтобы отключить установку, но так и не вернулся. За то сигнал был получен рядом с бункером на озере, где Меченный обыскивает труп Васильева и получает информацию с его КПК о расположении лаборатории. Меченый проникает в лабораторию и отключает установку и находит труп Призрака с его КПК и документы охранявший контролёр. В КПК Призрака находится информация чтобы найти Стрелка нужно отыскать болотного доктора, а его в свою очередь, чтобы отыскать нужно расспросить проводника на кордоне.
Сначала Меченый идёт к Бармену и относит ему документы ,в которых говорится что выжигатель мозгов рукотворен и что его можно отключить в лаборатории Х-10. Теперь Меченый идёт к проводнику на кордон который сообщает что Доктор, находится в тайнике группы Стрелка в подземелье НИИ агропрома. Проникая туда Меченый попадает на растяжку и теряет сознание, и встречает доктора со слов которых узнаёт что он, и является Стрелок. Доктор рассказывает немного про Монолит что это действительно иллюзия ,и чтобы открыть дверь нужно забрать декодер в припяти.
Отключив выжигатель мозгов все рванули к центру зоны, чтобы загадать своё желание.
Теперь уж Стрелок ,а не Меченный с группой сталкеров в припяти прорвались через толпы монолитовцев , Стрелок забирает декодер и отправляется на ЧАЭС, где идёт ожесточённая битвы военных с техникой и отрядов монолита с электромагнитным орудием в просто народи “Гаусс пушка”. Проникнув в саркофаг он слышит голос монолита в своей голове , который зовёт Стрелка чтобы он загадал желание. Стрелок обходит монолит и с помощью декодера взламывает дверь. За дверью находится система управления и питания монолитом разрушив которую Стрелку является голограмма человека.
Со слов его он представитель “О-Сознания” и ответит на все его вопросы. После этого о-сознание предоставляет выбор или убить их, или присоединиться. Стрелок решает уничтожить их и пройдя через множество пространственных аномалий ходит до их центра управления и уничтожив их зона исчезает и Стрелок счастливый ложится на траву и умирает.
Конец истории!