В 1921 году после присоединения Трансильвании к Румынии в соответствии с положениями Договора о вступлении Румынии в Первую мировую войну основанный в 1872 году университет города Коложвар (позже Клуж-Напока) в Трансильвании с обучением на венгерском языке был переведен в Сегед. До 1940 года в университете велось обучение на четырех факультетах: медицинском, математики и естественных наук, юридическом, а также факультете искусств, языков и истории. В это время одним из профессоров университета был Альберт Сент-Дьёрди - нобелевский лауреат по физиологии и медицине 1937 года.
В 1940 году, согласно решению Венского арбитража, Румыния была должна уступить часть Трансильвании Венгрии, и университет был переведён обратно в Клуж-Напоку, что и было сделано, однако в то же время в Сегеде был открыт новый Королевский университет имени Миклоша Хорти, который по окончании войны получил название Университета Сегеда. В 1951 году был упразднен медицинский факультет - на его основе был создан медицинский институт. В 1962 году университет получил имя венгерского поэта-революционера Аттилы Йожефа, который в 1924 году поступил в Сегедский университет, но был исключен за политические стихи.
В 2000 году университет Сегеда ждала новая реорганизация, в результате которой состоялось объединение университета, медицинского университета и нескольких других учебных заведений в единый университет Сегеда.
Одна из достопримечательностей Кафедральной площади - музыкальные часы, расположенные на стене здания университета напротив Кафедрального собора. Эти уникальные часы – работа часовщика Ференца Цури и резчика по дереву Йожефа Кулая.