Як-42 имел очень ограниченные продажи на экспорт: первые заказы от авиакомпании "Aviogenex" были аннулированы, прямые продажи осуществлялись только на Кубу и в Китай. Несколько машин были сданы в лизинг Ирану и Пакистану.
Позднее Як-42 стали использовать эксплуатанты, занимающиеся VIP-перевозками, для чего создали различные варианты специального интерьера. Два VIP-самолета используют ВМС Китая. В постсоветский период ОКБ Яковлева на основе Як-42 разработало несколько проектов. Предложенный в 1993 году Як-42К представлял собой грузопассажирский вариант.
Одновременно заявленный Як-42Б с авионикой "Веп- dix/King" так и не был построен. Самолету Як-42А, также с западной авионикой, повезло несколько больше. Первый Як-42А, переоборудованный из Як-42Д, появился в 1992 году с авионикой "Allied Signal" под обозначением Як-142.
В 1999 году его переименовали в Як-42А. Самолет характеризуется улучшенными интерцепторами и закрылками, он приспособлен для использования в жарких и высокогорных условиях. В 2009 году ОКБ Яковлева продолжало маркетинг Як-42, предлагая его с новыми, более экономичными двигателями Д-436 с реверсорами тяги. Увеличенная мощность двигателей позволяет повысить эксплуатационную массу и улучшить характеристики.