Сюжет Wasteland 3 разворачивается спустя несколько лет после событий второй части. Пустынные рейнджеры спасли штат Аризона от катастрофы, помешав планам искусственного интеллекта «Кочис», но эта победа далась им большой ценой. Старая цитадель рейнджеров уничтожена ядерным взрывом, а вместе с ней погибла не только инфраструктура организации, но и её лидер — генерал Варгас. Обескровленные спасители Аризоны сами оказались на грани вымирания.