Галф-1 послал сигнал бедствия из Восточно-Китайского моря после того, как был захвачен тайфуном "Майсак".
Один моряк был найден дрейфующим в бурных водах в спасательном жилете.
Поиски остальных членов экипажа и корабля продолжаются самолетами и патрульными кораблями, несмотря на высокие волны и сильный штормовой ветер.
Экипаж сухогруза состоит из 39 моряков с Филиппин, двух из Новой Зеландии и двух из Австралии.
По данным японской береговой охраны, спасенный мужчина является одним из филиппинских членов экипажа, который сказал, что двигатель судна вышел из строя до того, как его ударила волна и он перевернулся.
"Галф-1" покинул Новую Зеландию 14 августа и направился в Китай, причем путешествие, как ожидается, займет 17 дней, сообщило Министерство иностранных дел Новой Зеландии.
В ночь на среду судно отправило сигнал бедствия из акватории к западу от острова Амами Осима на юго-западе Японии.
Министерство иностранных дел Филиппин заявило, что его консульство в японском городе Осака "следит за ситуацией и координирует ее" с властями.
Японская береговая охрана "запускает вторую поисково-спасательную миссию до ожидаемого прихода тайфуна", говорится в пресс-релизе.
Лизель Питого, 38 лет, в последний раз разговаривала со своим мужем, моряком на корабле, во вторник вечером.
Он сказал, что они едут в Китай, но немного беспокоятся о погоде, сказала она выступая из провинции Кесон на Филиппинах.
Его телефон был недоступен в среду, - сказала г-жа Питого, обеспокоенная любыми новостями о своем муже Линдоне, который был моряком в течение семи лет.
Как Австралия, так и Новая Зеландия заявили, что они оказывают консульскую помощь семьям своих членов экипажа.
Gulf Livestock 1 - это 139-метровое грузовое судно под панамским флагом, построенное в 2002 году.
Сильные ветры и проливные дожди из-за тайфуна, обрушившегося на регион, затрудняют поиски судна.
Пройдя через Восточно-Китайское море, тайфун "Майсак", названный в честь камбоджийского дерева, рано утром в четверг обрушился на южнокорейский портовый город Пусан.
По меньшей мере один человек погиб, более 2200 человек были эвакуированы в убежища, а около 120 000 домов остались без электричества в пострадавшем регионе.