1 (14) сентября 1902 года по указу императора Николая II в честь 200-летия Российского флота в городе-крепости Кронштадт было начато строительство Морского собора
Молебен на строительство храма совершил святой праведный Иоанн Кронштадтский.
Идея о строительстве собора появилась ещё в 1830-х, но воплощаться в жизнь начала только 70 лет спустя. Одним из главных идеологов и первых жертвователей на строительство храма был Иоанн Кронштадтский. Он упрекал правительство в том, что деньги выделяются на строительство кораблей, но не храма в главном морском городе империи.
«Мы строим многомиллионные военные суда, казна отпустила 25 миллионов на укрепление Кронштадта, а морской храм, который должен бы быть славою флота и России и свидетельством веры и благочестия русских победоносных воинов, видом своим похож на самую убогую сельскую церковь», — писал протоиерей правительству. Речь шла, разумеется о деревянном предшественнике собора.
Ходатайство вице-адмирала Н.И. Казнакова получило в 1897 году высочайшее разрешение открыть подписку добровольных пожертвований на постройку храма.
Возведение храма было решено вести на Якорной площади, на которой ранее лежали старые якоря, представлявшей свободное пространство, позволявшее устроить также парк вокруг собора и площадь для крестных ходов. Условием для составления проекта было то, чтобы высота купола позволила собору служить ориентиром с моря, а крест морского храма был первым, что бросалось в глаза мореплавателю. В апреле 1901 года был принят проект архитектора В.А. Косякова, высочайше утвержденный 21 мая (3 июня) 1901 года. В проектировании собора также участвовали гражданский инженер Виксель Александр Иванович.
1(14) сентября 1902 года началась постройка собора, которую предварил молебен, совершенный протоиереем Иоанном Кронштадтским в присутствии вице-адмирала С.О. Макарова.
8(21) мая 1903 года состоялась торжественная закладка собора в присутствии императора Николая II, императриц Александры Федоровны и Марии Федоровны, великих князей Михаила, Алексея и Владимира Александровичей. По окончании молебна с орудий крепости и кораблей, находившихся на рейдах, был произведен салют в 31 выстрел. В тот же день император и его окружение посадили в сквере вокруг собора 32 годовалых дуба.
Освящение собора состоялось 10(23) июня 1913 года в присутствии императорской семьи.