Иоанно-Предтеченский мужской монастырь находится напротив входа в Кремль, расположенного в Спасской башне. Другая сторона монастыря выходит на улицу Баумана.
В 1555 году казанский святитель Герман основал подворье Свияжского Богородицкого монастыря. В 1564-1568 годах на месте подворья Герман основал Иоанно-Предтеченский мужской монастырь. Монастырь был назван в честь ангела царя Иоанна Грозного - Иоанна Предтечи. До 1595 года монастырь оставался без игумена.
Первые постройки были сделаны из дерева. В 1649 году пожар уничтожил все постройки монастыря. В 1652 году московский купец Гаврила Федорович Антипин, имевший двор рядом с монастырем, восстановил сгоревший монастырь из кирпича. Был построен холодный храм Входа Господня во Иерусалим, увенчанный тремя шатрами, поддерживающими свод, с приделами во имя Иоанна Крестителя и евангелиста Иоанна Богослова. Вторая церковь - Введения во храм Пресвятой Богородицы – теплая, с пятью куполами и восьмигранной колокольней. Шатры поддерживал свод, перекрывающий удлиненный четверик. К храму была пристроена трапезная, кельи для настоятеля и братии. Церковь была домовой, у нее было три этажа. В верхнем этаже располагался храм и настоятельская келья. На втором этаже были братские кельи. На нижнем этаже находились кухня, трапезная и подвал. Вокруг монастыря построили каменную ограду с надвратной церковью со стороны Кремля. В 1652 году в день Рождества Пресвятой Богородицы митрополит Корнилий (Казанский и Свияжский) торжественно освятил монастырь.
В 1756 году императорским указом Екатерины Второй из Свияжска во Введенскую церковь была перенесена икона с частицей мощей Св.Германа.
В результате пожаров 1815 года почти весь монастырь сгорел. Восстановление монастыря началось в 1818 году. В1886 году храм стал аварийным и был разобран до основания. В 1887 - 1899 гг. был построен новый храм, по проекту Г. Б. Руша. Строительными работами руководили архитекторы В.В. Суслов и П.М. Тюфилин. Новый собор был в два раза выше прежнего и имел три шатра. На строительство храма было израсходовано 100000 рублей. В 1897 году на колокольню был установлен колокол, весящий сто пудов. Были построены новые настоятельский и братский корпуса. В 1918 году в Иоанно-Предтеченском монастыре размещалось Епархиальное управление.
В 1929 году монастырь был закрыт. В советское время, в 1930 году собор был снесен. Из всех построек того времени сохранилась Введенская церковь, восьмигранная колокольня и настоятельный и братский корпус. В настоятельском и братском корпусах находилось «Общество охраны памятников». В 1992 году Иоанно-Предтеченский монастырь был возвращен Казанской епархии.