Иоанновский храм был построен в 1778 году в Петербурге при Каменноостровском дворце архитектором Ю.М. Фельтеном в необычном для православного храма архитектурном стиле псевдоготики. Трудясь над созданием архитектурного стиля храма, Ю.М. Фельтен последовал царившей в то время модной тенденции на английские пейзажные парки и неоготику. Когда Павел I возглавил Мальтийский Орден, церковь была передана Ордену, в ней кавалеры принимали присягу, их хоронили на кладбище при церкви. После восхождения на престол Александра I кладбище закрыли.
Сохранились исторические свидетельства о том, что в 1834-1836 годах А.С. Пушкин в Иоанновской церкви крестил своих детей - Григория и Наталью. По преданию, поэт посетил именно эту церковь перед роковой дуэлью.
В 1923-1924 годах церковь передали обновленческой церкви, но с 1925 по 1938 год был возвращён Православной общине. Во времена СССР храм закрыли в 1937 году. Вся церковная утварь бесследно пропала. Пока храм не действовал, в нем размещались различные организации (мастерская скульптора, РЖУ, военный санаторий, спортзал). Часть церковного имущества изъяли и передали в Москву в 1917 году, другая часть была расхищена и безвозвратно потеряна. При одном из пожаров были уничтожены настенные фрески.
Иоанновская церковь была возвращена приходу в 1989 г. и тогда же включена в состав Петроградского благочиния. В 1990 году возобновились богослужения. Престольный праздник в храме - 7 июля (Рождество Пророка, Предтечи и Крестителя Господня Иоанна). Настоятелем храма является протоиерей Вадим Николаевич Буренин. Не так давно на территории Городского клинического онкодиспансера отрыли молельную комнату. Духовенство церкви Рождества Иоанна Предтечи во главе с о. Вадимом будет окормлять пациентов и сотрудников этого учреждения.
Учитывая необычный архитектурный стиль церкви, издалека ее можно принять за костел – те же типичные для католических храмов уносящиеся вверх остроконечные стены из красного кирпича, стрельчатые серые купола, колокольня со звонницей, колонны и зарешеченные стрельчатые окна. В плане церковь, как и все костелы, крестообразная. Внутри – классические своды готического стиля. Даже деревянный иконостас несколько стилизован под готику.
Неподалеку от храма находится часовня иконы Богоматери «Всецарица», изначально это была вахта Ушаковского моста, перестроенная в псевдоготическом стиле, создающая с церковью единый ансамбль. Часовня представляет собой круглое здание, построенное из красного кирпича на ступенчатом основании, с готическими окнами. Вместо купола у часовни – плоская серая крыша, увенчанная маковкой с крестом.
При храме действует воскресная школа (для детей и взрослых), проводятся катехизаторские курсы, силами прихожан проводятся разнообразные мероприятия просветительского и социального направления. Работает приходская библиотека духовной литературы, составленная из книг, пожертвованных прихожанами и многими дарителями. В библиотеке прихожане могут получить книги и другие носители по основному богословию, катехизису, истории Церкви, аскетике, догматике, агиографии, церковному искусству, педагогике.
В связи с тенденциями современности, большое внимание уделяется накоплению информации на цифровых носителях: DVD и СD. На более чем 250 носителях хранится различная информация (описания паломнических маршрутов, храмовые песнопения, история Церкви и государства, фильмы на православную тематику, обучающие курсы, беседы, лекции).