Богородице-Алексеевский монастырь в Томске – это одна из культовых достопримечательностей города. Монастырь был основан в 1605 г. на реке Большая Киргизка, в девяти верстах от города Томска. Тогда он носил название Усть-Киргизский. Несмотря на то, что обитель имела очень хорошее укрепление и находилась в окружении оборонительных рвов, она постоянно подвергалась набегам татар и кочевых киргизов.
В 1656 г. в результате пожара полностью сгорел деревянный храм монастыря. В 1657 г. обитель перенесли на новое место - Юрточную гору, Томский острог. В 1662 г. на территории монастыря был построен первый деревянный трехпрестольный храм во имя Казанской иконы Божией Матери, с двумя приделами, посвященными мученикам Флору и Лавру, и преподобному Алексию, человеку Божию.
В 1681 г. монастырь являлся одним из старейших сибирских храмов, поэтому царь Феодор Алексеевич принял его под личное покровительство. В 1698 г. при монастыре открыли первую в Томске школу. С XVII ст. здесь начала действовать первая в городе богадельня и больница. В 1764 г. Богородице-Алексеевский монастырь вошел в число штатных и был причислен к третьему классу.
Первый камень современного храма монастыря заложили в 1776 г. Через три года состоялось освящение боковых приделов, а в 1789 г. - главного придела храма во имя Казанской иконы Божией Матери. Казанский храм был построен в архитектурных традициях школы Сибирского барокко, став первым каменным сооружением города. На территории Богородице-Алексеевского монастыря находится один из древнейших погостов Томска.
В 1830-е гг. вокруг монастыря возвели каменные стены и башни-часовни. Автором данного проекта выступил томский архитектор К. Г. Турский. На территории монастыря находились летние кельи, озеро, сад и кладбище, а южнее - монастырская роща, которая сохранялась до начала XX ст.
В 1922 г. монастырь закрыли. В 1941-1945 гг. его использовали в качестве военного госпиталя. Через некоторое время монастырские здания, в том числе и частично разобранную Казанскую церковь, передали Томскому педагогическому техникуму. В 1992 г. здание Казанской церкви и часть келейного корпуса передали в ведение Томскому благочинию РПЦ. Монастырь восстанавливали практически из руин.
На сегодняшний день Богородице-Алексеевский монастырь - один из самых старых действующих православных монастырей на юге Сибири.