Церковь Святой Екатерины великомученицы была деревянным слободским храмом. О её существовании известно с XVI века. Церковь была капитально перестроена после 1762 года, когда в Москву прибыла на коронацию Екатерина Вторая. Императрица сама пожелала возвести храм в честь своей небесной покровительницы, выделила на это средства из казны, одарила церковь дорогими подарками. Она привлекла к ее строительству и украшению мастеров своего дела – архитектора Карла Бланка, который построил в Москве несколько церквей и Воспитательный дом, а также художников Дмитрия Левицкого и Василия Василевских, написавших иконы для иконостаса, к сожалению, не сохранившиеся.
После участия Екатерины в судьбе храма церковь стала представлять два здания, старое и новое (зимний и летний храмы), которые были соединены колокольней в два яруса. Архитектор Карл Бланк успел застать закат периода барокко и начало классицизма. Екатерининская церковь – одно из последних образцов московского барокко. Здание было окружено оградой, состоявшей из фигурных элементов ограждения Соборной площади Кремля, которое было разобрано в 40-е годы XVIII столетия, и по распоряжению Екатерины было использовано для обновленного храма. В XIX веке облик церкви реставрировался дважды – после пожара 1812 года, и в 1870-е было перестроено старое здание.
В начале 30-х годов прошлого века церковь закрыли. Ее главная икона – святой Екатерины – в годы советской власти оказалось утраченной. После закрытия церкви ее перенесли в Монетчики, в церковь Воскресения, но тот храм не только был упразднен, но и разрушен. Святыня переехала на Зацепу, в церковь Флора и Лавра, также закрытый, и дальнейшая судьба иконы не прослеживается.
В 30-е годы в старом здании церкви были устроены жилые помещения, в екатерининском – конторские, но затем бывшая церковь сменила «постояльцев». Ими стали научно-исследовательский институт и Всесоюзный художественный реставрационный центр имени Игоря Грабаря, которые в 80-е годы проводил реставрацию этого здания.
В 90-е годы РПЦ была возвращена только часть храма. Сегодня церковь является представительством Православной церкви в Америке при Московском Патриархате.
