Первые поселения на месте Пицунды появились ещё в IV веке до н.э.. Позднее греками на мысе был основан античный город и порт Питиунт (др.-греч. Πιτυοῦς, Сосновый). В конце II — начале I века до н.э. он входил в эллинистическое Понтийское царство.
С конца I в до н.э. в Пицунде располагалась римская крепость, а с IV века здесь был основан один из центров христианской религии на Кавказе. В 407 году по дороге в Пицунду скончался Св. Иоанн Златоуст, архиепископ Константинопольский. Под алтарём Пицундского собора ему была устроена гробница, в которой хранилась частица мощей святого, оставленная во время перенесения их в Константинополь.
В 780-х годах Питиунт вошёл в состав Абхазского царства, а с конца X века — в состав объединённого Абхазо-Грузинского государства. С XI века Пицунда упоминается в грузинских источниках под именем Бичвинты.
В XIV—XV века здесь находилась генуэзская фактория Пецонда (итал. Pezonda).
В XVII—XIII века город находился под властью Османской империи, а с начала XIX века вместе с Абхазией вошел в состав Российской империи.
В 1872 году при пицундской православной церкви открыт мужской монастырь.
Археологические раскопки 1950-х годов открыли остатки храмов (в том числе базилики IV—V веков с мозаиками пола), крепостных и жилых сооружений, бань.
Своим названием город обязан растущим тут уникальным соснам – «питиунт» в переводе с греческого означает «сосновый».
О древних цивилизациях напоминают сохранившиеся до наших дней руины античных сооружений и более поздние постройки, объединенные в археологический комплекс-заповедник «Великий Питиунт». На его территории находится также Исторический музей, в чью коллекцию входят артефакты каменного и бронзового веков, культурные ценности последующих эпох.
Патриарший собор (Пицундский храм), который на протяжении столетий остается национальной гордостью и ярким представителем материальной культуры грузинского народа. Он возвышается в пределах государственного заповедника «Великий Питиунт», основанного в 1991 году для сохранения культурного наследия Абхазии. История храма уходит корнями в IV столетие, когда на месте римского поселения Питиунт была построена первая древнехристианская базилика. В IV веке н. э. на территории крепости, сооружённой римлянами двумя столетиями ранее на месте древнего Питиунта, которая служила форпостом Римской империи в этом регионе, был построен древнехристианский храм-базилика, в котором служил епископ Стратофил, участвовавший во Вселенском Никейском соборе 325 года н. э. В конце V — начале VI века пол этого храма площадью в 60 квадратных метров был украшен богатейшей мозаикой, являющейся шедевром древнего искусства, имеющим мировое значение. Этот один из самых древних на Кавказе мозаичных полов был выполнен из камешков-кубиков местных пород двенадцати цветов. На мозаике также имелась надпись на древнегреческом языке. Византийский император Юстиниан I, под властью которого находилась Пицунда в VI веке, считал Питиус важнейшей стратегической крепостью на Кавказском побережье Чёрного моря. В VI веке в крепости на месте уже обветшавшего храма IV века предположительно по его приказу был возведен новый величественный храм. В 541 году н. э. в нём находилась епископская кафедра, где происходило первое крещение абхазов. С образованием Абхазского царства и обретением Абхазской церковью автокефалии в VIII веке н. э. Пицундский храм становится престольным храмом Абхазии.
Новый купольный храм, сооружённый в эпоху расцвета Абхазского царства в IX—X вв., был выстроен с использованием кирпича. Является крупнейшим раннесредневековым храмом Абхазии. Пицундский собор в середине X века стал кафедрой Абхазских Католикосов. Здесь происходили выборы Католикосов-Патриархов Абхазии, рукоположение епископов.
В XIV— XV веках собор неоднократно обновлялся. В XVII веке, под угрозой нападения со стороны турок, кафедра католикосов Абхазии переносится в Гелати (Грузия), собор был заброшен.
Во второй половине XIX века собор был вновь отстроен и освящён в честь Успения Богородицы.
Вопрос о переносе из здания собора органа, установленного в 1975 году немецкими мастерами, был поднят в 2009 году. 29 июля 2014 года и. о. президента Абхазии Валерий Бганба подписал распоряжение, в котором поручил министерству культуры совместно с госуправлением по охране истории культурного наследия изыскать возможность переноса органа из Пицундского собора в другое место.
в 1975 году храм с прекрасной акустикой переоборудовали в концертный зал. Сегодня многие гости Пицунды устремляются сюда, чтобы услышать великолепное звучание раритетного немецкого органа.
Настоящей жемчужиной курорта является реликтовая роща пицундской сосны. На Черном море рощи пицундской сосны есть только в Пицунде и в районе Геленджика-Дивноморска. Эта роща тянется более чем на 4 километра вдоль берега, а сам городок Пицунда окружен этой рощей с трех сторон. Многим деревьям в этой роще более 200 лет. Уникальная сосновая роща является остатком древней крымско-кавказской флоры. Сейчас пицундская сосновая роща занимает площадь в 200 гектаров и тянется лентой вдоль берега Черного моря на протяжении 7км. Это самый крупный массив длиннохвойной реликтовой сосны. Средний возраст деревьев – 80 лет, есть отдельные деревья двухсотлетнего возраста. Одной сосне – «патриарху» около 500 лет. Ее высота 40 метров, а диаметр 1,5 метра. Как редкий вид пицундская сосна внесена в Красную Книгу. Роща Пицундской сосны и рощи Абхазского самшита являются не только украшением Пицунды и уникальным памятниками природы доледникового периода, но фитонциды (летучие бальзамические ароматические вещества, которые выделяют растения при нагревании солнцем) этих растений являются значительным лечебным фактором курорта. Фитонциды сосны, а Пицундская сосна выделяет их в 6 раз больше обычной сосны, за счет длинной хвои, до 18см обезвреживает болезнетворные бактерии, даже туберкулезные палочки.
С севера к сосновой роще примыкает небольшой самшитовый массив - еще один оазис редкой флоры. Здесь отдельные деревья самшита достигают 12 метров высоты. Возраст их достигает несколько сотен лет. Фитонциды абхазского самшита (вечнозеленое дерево с мелкой листвой), так же очень благотворно влияют на укрепление здоровья, способствуя долгожительству.
Смешение горного и морского воздуха с озоном реликтовых сосен создают здесь целебный микроклимат. Морская вода на мысе Пицунда – самая чистая и прозрачная на всем побережье Черного моря. В бухте на мысе Пицунда почти никогда не бывает шторма или волнения моря.
Даже в летний зной морские бризы и тенистые сосновые и кипарисовые аллеи сохраняют в Пицунде удивительную прохладу. Тридцать тысяч пушистых вековых сосен с дивным ароматом смолы и нагретой солнцем хвои образуют резервуар целебного соснового воздуха.