Коменский обосновал принцип наглядности. О наглядности говорили и раньше, но при этом подразумевалось лишь зрение. Коменский же установил «золотое правило» дидактики: «Всё, что только можно, предоставлять для восприятия чувствам: видимое — зрению, слышимое — слуху, запахи — обонянию, вкусу, осязанию и т.д.»
Непеременным условием усвоения материала Коменский считал интерес и внимание к учению. Он предлагал всеми средствами возбуждать в учениках интерес и жажду знаний. Нужно поощрять детскую любознательность, стараться делать обучение легким, приятным. Для того чтобы знания были доступны учащимся, Коменский рекомендовал идти от простого к сложному, от конкретного к абстрактному, от фактов к выводам, от легкого к трудному, от близкого к далекому. Сначала примеры — потом правила.
Много внимания он уделял последовательности обучения. Занятия должны быть построены таким образом, чтобы «предшествующее пролагало путь к последующему», то есть новый материал должен быть преподнесен лишь после того, как усвоен предыдущий. Коменский впервые обосновал необходимость классно-урочной системы, при которой один учитель одновременно работает со всем классом по определенному учебному материалу. Учебный год должен для всех учащихся начинаться и оканчиваться одновременно, занятия должны последовательно сочетаться с отдыхом. Учебный день он строго регламентировал в соответствии с возрастными возможностями учащихся разных классов. Коменский установил такие понятия, как учебный год, полугодие, четверть, звонок, урок, начало и окончание учебного года, экзамены и прочие атрибуты школьной жизни.
Большое значение он придавал внешнему виду школы. Школьное помещение должно быть просторным, светлым, чистым, украшенным картинами. При школе Коменский рекомендовал разведение сада. Неотъемлемой частью школы он считал атмосферу бодрого, радостного и полезного труда. В противовес распространенному в то время пренебрежительному отношению к учителям он высоко оценивал общественное значение их деятельности.
Творчество Коменского оказало огромное влияние на развитие мировой педагогики и школьной практики. В его наследии главное составляют его прогрессивные идеи, новаторский подход, предвидение, проникновение в сущности воспитания, понимание его развития, необходимость его практичности и приучения к труду и религии, так как без них человеческие массы станут неуправляемыми, и всё погрузится в тотальный социально-психологический хаос. И всё это дает основание современным педагогам называть его отцом новой педагогики и школы.
Коменский умер в Амстердаме 15 ноября 1670 года. В этом городе ему поставили памятник. Впрочем, памятники великому педагогу есть в ряде стран. Но с особенным пиететом относятся к нему народы Чехии и Словакии. Одна из чешских банкнот всегда носила на себе изображение Коменского. Главный словацкий университет назван его именем. Любой педагог может гордиться им и своей профессиональной принадлежностью к его великой просветительской деятельности.