Родился Шамиль в аварском селении Гимры общества Хиндалал (ныне Унцукульский район 26 июня (7 июля) 1797 , по мусульманскому календарю первого числа месяца мухаррам, то есть в первый день Нового года. Имя ему дано было в честь деда ― Али. В детстве много болел, и родители согласно поверьям дали ему новое имя ― Шамиль - честь дяди (брата матери).
Сын аварского кузнеца, Денгав-Магомеда, Мать Шамиля по одной из версий была аваркой из села Ашильта.
Согласно словам самого Шамиля, зафиксированным в русских источниках XIX века, пятым предком Шамиля был «Кумык Амир-Хан, человек очень известный на Кавказе». Некоторые исследователи приводят данный источник с предположением о кумыкской национальности Шамиля, некоторые поддерживают данную версию.
Мальчику в честь деда дали имя Али. Ребёнком он был худым, слабым и часто болел. По народному поверью горцев, в подобных случаях предписывалось переименовать ребёнка. Ему решили дать имя «Шамиль» в честь дяди, брата его матери. Маленький Шамиль начал поправляться и впоследствии сделался крепким, здоровым юношей, изумлявшим всех своей силой.
В детстве отличался живостью характера и резвостью; был шаловлив, но ни одна шалость его не была направлена кому-нибудь во вред. Гимринские старики рассказывали, что Шамиль в молодости отличался угрюмой наружностью, непреклонной волей, любознательностью, гордостью и властолюбивым нравом. Страстно любил гимнастику, он был необыкновенно силён и отважен. Никто не мог догнать его на бегу. Пристрастился и к фехтованию, кинжал и шашка не выходили из его рук. Летом и зимой, во всякую погоду, он ходил с босыми ногами и с открытой грудью.
Первым учителем Шамиля был друг его детства Адиль-Мухаммад (Гази-Мухаммад), родом из Гимры. Учитель и ученик были неразлучны. Серьёзным учением Шамиль занялся с 12 лет в Унцукуле, со своим наставником шейхом Джамалуддином Казикумухским. В 20 лет он окончил курсы грамматики, логики, риторики, арабского языка и начал курсы высшей философии и законоведения.