Мануэль Годой родился 12 мая 1767 года в городе Бадахос в обедневшей дворянской семье. В 20 лет он начал службу в гвардии. В 1785 году Годой приобрёл покровительство инфанты Марии-Луизы, которая с вошествием её мужа на престол 14 декабря 1788 года стала королевой Испании.
В 1791 году Мануэль стал генерал-адъютантом, а 15 ноября 1792 года был назначен государственным секретарем Испании.
Его пребывание на посту главы правительства пришло на время революция во Франции. 7 марта 1793 года она объявила войну Испании. Неудачи в войне и страх перед Англией заставили Годоя пойти на мирные переговоры, которые закончились Базельским миром 22 июля 1795 года, по которому Испания уступала Франции Санто-Доминго. За заключение договора Годой получил титул "князь мира".
Следуя в союзе с Францией, Испания развязала войну с Англией, которая нарушила сообщение между колониями и сильно ударила по экономике. Одновременно с этим Годой пытался договориться с Павлом Первым в военных действиях против Франции, но нерешительность генерального секретаря привела лишь к разрыву дипломатических отношений между Россией и Испанией. В 1798 году Годой вышел в отставку.
Он вернулся в политику в 1801 году. 23 марта он заключил с Наполеоном Аранхуэсский договор, по которому создавалось Этрусское королевство во главе с зятем испанского короля Карла lV, а Испания отказывалась от Луизианы и объявляла войну Португалии. Война с Португалией пошла успешно для испанской стороны.
В 1803 году началась новая война Франции и Англии. Годой попытался сохранить нейтралитет, который был не выгоден для обеих воюющих сторон.
Годой поддержал Францию и в результате франко-испанский флот был уничтожен в Трафальгарском сражении, а сама страна полностью подчинилась Франции.
Годой остался в союзе с Францией, а по договору о разделе Португалии ему лично было обещано Алгавре для создания княжества.
Наполеон не был намерен сохранять династию Бурбонов в Испании и под предлогом войны с Португалией ввёл в Испанию войска. Годой был вынужден впустить французов в крепости, а Наполеон отплатил разжиганием революции, в результате которой Годой был выслан во Францию.
После отречения Карла lV Годой жил вместе с ним в Риме, в 1830 году он переехал в Париж, где получал пенсию от королевского двора. В 1847 году ему вернули часть титулов и имущества, в результате чего Годою разрешили посещать Испанию. Он умер 4 октября 1851 года в Париже.