Во времена Жилинского синода, когда город принадлежал Юраю Турзо, протестанты посещали храм Пресвятой Троицы, сейчас имеющий статус собора. На протяжении всего XVII века протестанты и католики занимались дележкой этого храма. Он переходил из рук в руки, пока в конце XVII века лютеране-евангелисты окончательно не потеряли право восхвалять Бога под сенью этого храма. Для своих богослужений они построили за пределами города на кладбище, которое сейчас называется Старым, деревянную часовню. В 1709 году у них появился опять-таки деревянный храм, который просуществовал лишь до 1719 года. С тех пор и до конца XIX века евангелисты Жилины не имели собственной церкви. Одной из причин такой несправедливости было резкое снижение количества протестантов в городе.
Положение изменилось к началу XX века. Евангелисты, которых стало намного больше, чем в прошлом веке, в 1903-1904 годах построили свой собственный молитвенный дом за пределами города. Он использовался как протестантский центр на протяжении многих лет. В 1921 году с приходом нового священника Федора Руппельдта появилась мысль о строительстве нового большого костела. Тут же был организован сбор средств. Пожертвования на церковь приходили даже из Соединенных Штатов. В 1930 году евангелическая община провела переговоры с городом Жилина о выделении ей участка земли для строительства костела. Подходящая площадка нашлась, и в 1934 году был объявлен творческий конкурс на проект нового костела. Его выиграл архитектор Милан Гарминец. В мае 1935 года началось строительство.
Новую церковь предполагалось возвести в духе современного функционализма, но нехватка средств заставила пересмотреть первоначальные планы. В итоге, дом священника отделили от костела, да и сам храм построили немного иначе, чем хотели раньше. 10 октября 1936 года костел был торжественно открыт. В 1938-1939 годах около храма построили новый дом священника.