Новый вариант коронавируса SARS-CoV-2, вируса, ответственного за Covid-19, может быть причиной повышенной заражаемости в некоторых частях Великобритании. В результате британское правительство ввело в нескольких регионах, включая Лондон, новые, более жесткие ограничения. Жители пострадавших районов не смогут проводить Рождество с людьми вне дома. В других частях страны собрания разрешены только на Рождество.
Премьер-министр Борис Джонсон и его главные научные советники заявили, что после появления этого нового варианта, передача болезни может увеличиться до 70%, а число излечившихся может увеличиться на 0,4%.
Что мы знаем об этом новом варианте?
Первое объявление об этом новом варианте, обнаруженном в Соединенном Королевстве, который называется VUI - 202012/01 или линия B.1.1.7, было сделано 14 декабря министром здравоохранения Великобритании. Затем информацию подтвердили Служба общественного здравоохранения Англии и британский консорциум, занимающийся секвенированием, связанным с эпидемией Covid-19. Обзор баз данных SARS-CoV-2 показал, что первый образец, содержащий этот новый вариант, был собран в округе Кент 20 сентября.
Генетический профиль - или геном - этого варианта содержит четырнадцать мутаций, семь из которых расположены в областях, кодирующих белок Spike, который опосредует проникновение вируса в клетки человека. Это относительно большое количество модификаций по сравнению с множеством вариантов, находящихся в обращении в мире.
На сегодняшний день геном этого нового варианта был тщательно секвенирован из образцов, собранных в основном в Великобритании. Однако его дважды находили в Дании и Австралии. Также зарегистрирован случай в Нидерландах. Следует отметить, что во всех этих странах действуют важные политики секвенирования вирусов, а это означает, что вполне возможно, что эти наблюдения не отражают истинное глобальное распространение этого вирусного варианта: он может присутствовать где-либо еще, но не может быть обнаружен из-за отсутствия достаточного объема секвенирования. Мы узнаем больше по мере секвенирования и обмена новыми геномами.
Этот вариант, похоже, начинает преобладать над другими.
Благодаря обмену данными, геномному надзору и результатам тестов на Covid-19, проведенных в Соединенном Королевстве, мы видим, что этот вариант, похоже, начинает преобладать над другими. В некоторых частях страны он может нести ответственность за растущее число случаев Covid-19, особенно в местах, где это число быстро растет.
В таких ситуациях всегда очень сложно отличить причину от следствия. Таким образом, увеличение появления определенных мутаций может быть связано с увеличением частоты вирусных линий, несущих их, но не обязательно потому, что они лучше передаются; Альтернативное объяснение может заключаться в том, что эти варианты просто присутствуют в районах с высоким уровнем передачи, например, из-за определенной местной деятельности человека или проводимой там политики общественного здравоохранения.
Однако, хотя успех этого нового варианта можно объяснить таким образом, первые проведенные на данный момент наблюдения оправдывают особую осторожность при его характеристике и мониторинге, а также при настройке вмешательства, чтобы остановить его передачу.
Опаснее ли новый штамм короновируса?
На сегодняшний день нет доказательств того, что этот вариант SARS-CoV-2 увеличит тяжесть заболевания, как с точки зрения смертности, так и с точки зрения тяжести заболевания.
Как происходят вирусные мутации?
Мутации - естественная часть эволюции вирусов . В случае SARS-CoV-2 эти мутации могут быть результатом случайных ошибок во время репликации вируса. Они также могут быть вызваны противовирусными белками, присутствующими у инфицированных людей. Наконец, они могут возникать путем рекомбинации, своего рода генетического «смешения». Однако пока никаких признаков рекомбинации SARS-CoV-2 не обнаружено.
Большинство вирусных мутаций обычно неэффективны. Поэтому, когда мы оценили точечные мутации, которые затронули более 50 000 вирусных геномов во время первой волны пандемии, мы не обнаружили ни одной, которая существенно изменила бы способность вируса выживать и воспроизводиться .
На данный момент мы не знаем, откуда взялся этот новый вариант.
Однако время от времени мутация или в данном случае конкретная комбинация мутаций дает вирусу новые преимущества. Если эпидемиологическая среда позволяет это, вирусы, несущие эти выгодные комбинации мутаций, могут затем увеличить свою частоту в популяции под действием естественного отбора.
Откуда появился этот новый вариант?
На данный момент мы не знаем. Пока что ученые не идентифицировали никаких близкородственных вирусов, подтверждающих теорию о том, что этот вариант был завезен в страну. Скорее, паттерны мутаций, наблюдаемые на основе имеющихся в настоящее время данных, свидетельствуют в пользу длительного периода адаптивной эволюции , которая, скорее всего, имела бы место в Великобритании.
В модели мутации , подобные этим было отмечено в ходе эволюции вируса SARS-2-CoV в хронически инфицированных пациентов , у которых иммунная система слабее, чем обычно. Текущая гипотеза состоит в том, что такой сценарий хронической инфекции у одного пациента мог сыграть роль в возникновении этого варианта. Для выяснения этого будет проведено новое исследование.
Сколько вариантов SARS-CoV-2 мы нашли на данный момент?
Существует несколько тысяч линий SARS-CoV-2, которые в среднем отличаются друг от друга небольшим количеством мутаций . Открытие этого нового варианта не ставит под сомнение тот факт, что штаммы SARS-CoV-2, циркулирующие в настоящее время в мире, имеют низкое геномное разнообразие.
Какими бы незаметными они ни были, мутации, присутствующие в различных линиях, могут быть очень полезны при реконструкции моделей наследования. Например, в начале пандемии можно было выявить не менее тысячи случаев появления SARS-CoV-2 в Соединенном Королевстве после их отнесения к разным линиям.
Чем отличается этот вариант?
Важно подчеркнуть, что многие мутации, присутствующие в этом новом британском варианте, уже наблюдались в других вариантах SARS-CoV-2 раньше, иногда на довольно ранней стадии пандемии. Однако этот вариант имеет необычное количество и комбинацию мутаций.
Одна из этих мутаций, N501Y, как ранее было показано, увеличивает связывание вируса с рецепторами в наших клетках . N501Y был впервые секвенирован в вирусе, присутствующем в Бразилии в апреле 2020 года. В настоящее время он связан с вариантом SARS-CoV-2, частота которого также увеличивается в Южной Африке.
Конкретные делеции, идентифицированные в белке Spike из B.1.1.7, с возрастающей частотой появляются во многих других линиях вируса. Они также наблюдаются при хронических инфекциях, где они могут изменять антигенность - способность вируса распознаваться антителами, вырабатываемыми иммунной системой.
Эти делеции также могут быть связаны с другими мутациями, расположенными в области связывания белка Spike коронавируса. Это особенно касается мутаций, наблюдаемых во время заражения выращиваемых норок, а также мутации, которая, как известно, сыграла роль в способности вируса ускользать от иммунной системы человека. Новый вариант B.1.1.7 также имеет усеченный ген ORF8, и делеции в этой области были связаны с уменьшением тяжести заболевания .
Ожидается, что эффективность вакцин не будет значительно снижена мутациями.
Функциональный эффект этих мутаций и делеций, в частности, когда они комбинируются, как в случае B.1.1.7, еще предстоит определить. Большое количество мутаций, обнаруженных в этом конкретном варианте, и недавнее увеличение его распространенности, а также потенциальное биологическое значение некоторых из вовлеченных мутаций подчеркивают необходимость дальнейших исследований.
Какие последствия вакцины?
На данный момент мы не знаем. Что обнадеживает, так это то, что вакцины вызывают широкий антительный ответ, направленный против всего белка Spike. Поэтому мутации не должны существенно снижать их эффективность. Испытания, подтверждающие это, продолжаются.
Тем не менее, появляется все больше свидетельств того, что другие виды сезонных коронавирусов в некоторой степени способны со временем ускользать от иммунитета. Поэтому не исключено, что однажды нам придется обновить вакцины, предназначенные для борьбы с Covid-19, как мы делаем для вакцины против гриппа, чтобы адаптировать их к вариантам, находящимся в обращении на момент их использования.
Пока рано говорить, возникнет ли такая ситуация. Однако можно сказать наверняка, что глубокое секвенирование генома различных вариантов коронавируса SARS-CoV-2, обмен полученными данными и создание протоколов, позволяющих отслеживать их появление и их будущее, будут составлять элементы необходимо для сбора информации, необходимой для достижения этой цели.
Жду ваши комментарии. Будьте здоровы!