В декабре 1923 года Владимирский уездный исполком принял постановление о передаче ансамбля бывшего Боголюбского монастыря со всем имуществом в ведение музейного отдела.
«Монашествующих разогнали, многие из них приняли от рук безбожников мученическую кончину», – вспоминают на сайте попечительского совета монастыря.
В монастырских зданиях после этого, кроме музея, размещались школа, больница, склады, консервный завод, отделение милиции и т.д.
В последний период существования Боголюбского монастыря, в 1921 — 1923 годах, настоятелем был викарий Владимирской епархии епископ Ковровский Афанасий (Сахаров), впоследствии признанный святым.
В 1960-80 гг. Госстроем СССР и Академией художеств СССР по согласованию с Владимирским облисполкомом и союзом художников РСФСР велись разработки по устройству на территории Свято-Боголюбского монастыря Центра перспективных проблем архитектуры (ЦППА). Были составлены чертежи и схемы, сметы. Но грандиозные проекты архитекторов не состоялись.
Только в 1991 году часть зданий была вновь передана монашествующим во главе со схиигуменом Никодимом.
25 мая 1997 г. архиепископом Владимирским и Суздальским Евлогием (с 18 июля 2013 года – митрополит), был освящен престол в трапезном Благовещенском храме (XVII в.), в котором периодически теперь совершаются будничные богослужения. А с середины июня 1997 г. возобновлены службы и в самом соборе Боголюбской иконы Божией матери.
Молитвами и трудами духовника обители архимандрита Петра за истекшие годы обитель неузнаваемо преобразилась. За одно лето 1997 г. собор был полностью отштукатурен и побелен снаружи самими сестрами, а внутри было проведено паровое отопление. В соборе повешены паникадила, центральное из которых весит около двух тонн, и еще девять малых боковых. Под руководством опытного реставратора силами насельниц обители восстановлена роспись собора.
Обитель была основана святым князем Андреем Боголюбским - в память о явлении ему здесь Богородицы. Свято-Боголюбский монастырь, вобрав в себя 8,5 веков русской истории, является живым свидетелем как былой славы и могущества русского государства, так и его бесславного разорения и упадка. И Господь промыслительно сохранил обитель...