Немецкие подлодки проникали в территориальные воды СССР вплоть до Таймыра. А дирижабль типа «Цеппелин» исследовал береговую линию Карского моря и острова. Это было еще до начала войны 1941 г. Результаты полярной экспедиции попали в Германию, что позволило фашистским ВМС уверенно входить в Карское и другие моря Заполярья и даже создавать там военные базы.
Подводные лодки Кригсмарине серии «U» неоднократно вторгались в полярные области Советского Союза. Одна из этих субмарин, построенная в 1940 году в Фленсбурге, покоится на дне Карского моря. Подлодку потопил советский тральщик «Т-116», забросав глубинными бомбами. Командовал субмариной обер-лейтенант Л. Франц. До этого «U-362» не одержала ни одной победы в пяти походах, бесславно закончив путь в морской пучине. Капитан-лейтенант Бабанов и его экипаж обнаружили шпионскую субмарину в тумане и атаковали вражеское судно, когда оно пошло на погружение. Это случилось 5сентября 1944 г.
Побывала в Арктике и «U-365», напав в августе 1944 г. на конвой «БД-5», состоявший из 4-х советских судов. Командир немецкой субмарины опробовал новые торпеды. Первым потопленным транспортам стал «Марина Раскова», затем взорвалсятральщик «Т-118». Из трёх кораблей этого типа в конвое уцелел один – им был «Т-116». Немецкой подлодкой командовал обер-лейтенант Д. Тоденхаген, имея свыше 3-х лет боевого стажа. Но и эта субмарина затонула вместе с экипажем, но уже в декабре 1944 года, атакованная с воздуха английскими самолетами.
Возле Таймыра в сентябре 1944 г. подлодка «U-957», которой командовал тоже обер-лейтенант, но Пауль Тенсхофф, напалана сторожевик «Бриллиант», охранявший конвой «ВД-1», потопив корабль. Четыре советских транспорта поджидала пара гитлеровских подлодок, но торпедная атак не удалась. Одна из торпед воткнулась в лед, другие прошли мимо кораблей. СКР-29 (сторожевик) был потоплен после этого. В проливе Вилькицкого появлялась осенью 1944 г. и «U-711», имея целью сбор разведданных. Предполагается, что эта субмарина прошла даже до устья реки Лены, где была немецкая база.
Строили немцы и «призрачные субмарины», предназначенные для транспортных целей. Некоторые из подлодок этого типа побывали возле Новой Земли, доставляя туда какие-то грузы. Возможно, что боеприпасы и топливо. Затонувшая (без вести пропавшая) советская «К-1» в 1943 году возле того архипелага, наверное, была потоплена немецкой субмариной, когда наткнулась на базу гитлеровцев. По силуэту «К-1» резко отличалась от фашистских подлодок, поэтому и была сразу распознана. Известно, что советские субмарины типа «С» были схожи с немецкими по абрису. Место гибели «Катюши» неизвестно, пропал и экипаж.
Подобно «волчьим стаям» в Атлантике, в полярных морях СССР действовали группы субмарин, начиная с 1941 года. Одну изэтих подлодок (U-639) уничтожила советская «С-101» в августе 1943 г. возле Новой Земли тремя торпедами. «Каплей» Трофимов сработал оперативно, не дав немецкой субмарине даже уйти в глубину.