В ходе работы необходимо было, чтобы API вернул файл. WSO2 же пытался вернуть base64 content файла.
Помогло следующее - payload factory c заключением контента в тег ns:binary.
медиатор Script c setBinary(true)
<outSequence>
<property xmlns:m="http://www.1c.ru/docmng" name="filename" expression="//m:GetFileResponse/m:return/m:Name" scope="default" type="STRING"/>
<property xmlns:m="http://www.1c.ru/docmng" name="ext" expression="//m:GetFileResponse/m:return/m:Extension" scope="default" type="STRING"/>
<property xmlns:m="http://www.1c.ru/docmng" name="data" expression="//m:GetFileResponse/m:return/m:BinaryData" scope="default" type="STRING"/>
<header name="Content-Disposition" scope="transport" expression="fn:concat('attachment; filename=',get-property('filename'),'.',get-property('ext'))"/>
<header name="Content-Type" scope="transport" value="application/pdf"/>
<payloadFactory media-type="xml">
<format>
<ns:binary xmlns:ns="http://ws.apache.org/commons/ns/payload">$1</ns:binary>
</format>
<args>
<arg evaluator="xml" expression="get-property('data')"/>
</args>
</payloadFactory>
<script language="js">var binaryNode = mc.getEnvelope().getBody().getFirstElement().getFirstOMChild(); binaryNode.setBinary(true);</script>
<property name="messageType" value="application/pdf" scope="axis2"/>
<respond/>
</outSequence>