Учреждён постановлением СМ РСФСР от 26 сентября 1969 года № 571 на основании постановления Совета министров Бурятской АССР от 31 декабря 1968 года № 461. Созданию заповедника предшествовала дискуссия ученых и общественных деятелей.
Байкальский природный биосферный заповедник расположен в трех административных районах Бурятии – Селегинский, Кабанский и Джидинский. Территория охранной зоны занимает часть хребта Хамар-Дабан, главное водохранилище горной возвышенности разделяет заповедную зону на две части: северную (большая) и южную (меньшая).
Северная граница зоны проходит по побережью озера Байкал, она неровная, поэтому то отдаляется от воды, то приближается к самой кромке. В остальных зонах границами выступают естественные преграды – долины рек: Левая Мишиха, Верхняя Хандагайта, Темник и Выдриная.
На территории заповедника насчитывается более 1000 видов насекомых. На данный момент ведутся исследовательские работы по изучению и классификации всех видов, обитающих в заповедной зоне. Также специалисты тщательно следят за размножением насекомых, не позволяя им превысить допустимый лимит и нанести вред заповеднику.
На территории охраняемой зоны разместилось более 500 видов пернатых. Из хищников здесь часто встречается коршун, ястреб и канюк, чуть реже хохлатый осоед и малый перепелятник. Водоплавающих птиц, несмотря на наличие прибрежной полосы Байкала, здесь проживает немного. В долине рек гнездится кряква, в горных районах горбоносые турпаны, а на склонах можно увидеть семейства куриных. На пролете встречаются и более могущественные хищники – степные орлы, могильники, беркуты. Сов в заповеднике представляют воробьиные сычи, большие и ушастые совы
Присутствуют на территории и грызуны – мыши полевки, восточно-азиатские мыши, белки и бурундуки, изредка встречаются ондатры. На склонах можно встретить норку и ласку, солонгоя и горностая, а особым счастливчикам здесь попадалась росомаха.
Флора заповедной зоны насчитывает более 835 видов растений. Сейчас на территории заповедника растут несколько разновидностей папоротников – щитовник, многорядник и подмаренник. Тут имеются и реликтовые растения (примерно 24 вида), которые смогли приспособиться к местному климату. Присутствует также группа “неубиваемых” растений – вечно зеленые плауны, расположившиеся в смешанной лесополосе.
Хватает в Байкальском заповедники и больших животных, например, бурых медведей насчитывается около 80. Благодаря кустарникам и обилию ягод медведи откармливаются перед спячкой, перебираясь с лугов в кедровники. В зоне есть другие привычные для нас обитатели леса – лисицы, волки, зайцы. Имеются в заповедники и копытные – лоси, косули, северные олени.
Более половины части заповедной зоны занимают лесные массивы. Чаще всего там встречаются следующие деревья: ель, сосна сибирская и обыкновенная, пихта, лиственница, также распространено семейство ивовых. По долинам рек устроились тополя и разновидности можжевельников.
В заповедники есть животные и растения, которые включены в “Красную книгу Бурятии”, а есть и те, что попали в “Красную книгу России”. Такое разделение не означает, что одних представителей флоры и фауны нужно охранять лучше, просто некоторые виды редки для Республики Бурятии, а в другой части страны они имеются с избытком. “Красная книга России” же собирает на своих страницах редких животных и растений, с минимальным количеством особей по всей стране.
Наиболее охраняемые животные – это: выдра, кабаны, косули, лоси, бурые медведи, хохлатые осоеды, дальневосточные квакши, остромордые лягушки, живородящие ящерицы, хариусы, тундренные куропатки, черные коршуны, соболи.
К наиболее охраняемым представителям флоры относятся: касатик гладкий, башмачок крупноцветный, ветреница байкальская, костенец алтайский, сверция байкальская, радиола розовая, луковичная калипсо, неоттиана клобучковая, рапонтикум сафлоровидный.
В “Красную книгу РФ” попало около 10 видов, в “Красную книгу Республики Бурятии” – около 49 видов.