Действие сериала разворачивается в далёком будущем. Земля уничтожена, и человечество, пытаясь спастись, создаёт передвижные города-форты Плантации. Пилоты (обычно их называют паразитами), появившиеся на свет в Плантациях, живут в однотипных особняках «Омела», также известных как «Птичья клетка». Дети живут в клетке, не зная ничего о внешнем мире или свободе неба. Всё существование детей-пилотов состоит в том, чтобы пилотировать роботов, называемые Франкc, и сражаться, выполняя приказы. Не пилотировать Франкc для них то же самое, что перестать существовать. Для пилотирования нужно два разнополых человека, «пестик» и «тычинка». Пилотам противостоят таинственные гигантские формы жизни, известные как ревущие драконы, или ревозавры.
Главный герой — пилот под кодом 016. Когда-то его считали вундеркиндом, однако теперь Хиро (придуманное им имя, составленное из прочтения цифр по-японски) отстаёт от ровесников и его существование кажется ненужным. Однажды перед ним появляется загадочная девушка, известная как «002», или «Zero Two».