Основная причина и суть, начавшегося практически сразу после развала СССР, противостояния в Таджикистане - борьба различных клановых группировок за передел власти.
Таджики, аки шотландцы, в первую очередь считали себя членами какого-то клана, а уже потом — гражданами Таджикистана. Поэтому сначала следует разобрать именно кланы, а уже потом остальное. Одной из особенностей становления клановой системы был разный уровень интеграции с Российской Империей в разных регионах. Кстати, клановостью объясняется и внешне странный союз национальных демократов и исламистов.
Первый и самый влиятельный клан — ленинабадцы или худжендцы. Именно они активнее всего поддержали советскую власть, когда она пришла в Среднюю Азию. До этого область Ходжента мягко и быстро вошла в состав Туркестанского генерал-губернаторства. Другие регионы в основном входили в состав российского вассала-Бухары. Понятное дело, качество жизни под управлением бухарского князька и русского губернатора различаются между собой как земля и небо. Также русскими контролировался Памир, однако единственным путем контроля над этим горным регионом было только размещение войск, никак иначе Россия с памирцами не контактировала и они оставались в массе своей полудиким племенем.
Господство ленинабадцев однако не было абсолютным, они вынуждены были делиться властью и с другими кланами. Так, традиционно поддерживались теплые отношения с гиссарцами из одноименной долины, где располагался город Душанбе. Также лояльны ленинабадцам были кулябцы — в основном аполитичные жители хлопкодобывающего региона на юге.
Обделенными властью считали себя гармцы, живущие на востоке страны. Не затронутый индустриализацией, их регион считался оплотом традиционного ислама. На самом дальнем востоке страны, отрезанные непроходимыми горами от столицы, жили бадахшанцы. Но, как ни странно, выходцы из этого клана считались самыми образованными, учеба была для них единственным путем в большую жизнь. Получив диплом, бадахшанцы на возвращались на родину, а оставались в Душанбе. Так образовалась крепко спаянная прослойка памирской интеллигенции.
С 70-х годов в республике стал медленно, но верно распространяться политический ислам. Идеологом исламского возрождения стал Саид Нури, редактор газеты «Трибуна Ислама». В 1990 году создана Партия исламского возрождения, которая под руководством Мохаммадшарифа Химматзода к осени 1991 добилась признания и регистрации посредством регулярных буйных митингов в Душанбе.
Вместе с факторами клановости и исламизации, одной из причин накала обстановки стала перестройка и распад Советского Союза. Всю свою бытность Таджикистан оставался аграрной республикой, которая могла похвастаться только бескрайними хлопковыми полями и стадами барашков. Естественно, с распадом единой транспортной и экономической системы, в зависимом от ввоза промышленных товаров и денег Таджикистане рухнул уровень жизни, появилась и стала расти безработица.
В таком состоянии Таджикистан подошел к первым президентским выборам ноября 1991. Основными кандидатами стали Рахмон Набиев, представлявший ленинабадский клан, и Давлатназар Худоназаров, которому симпатизировали демократы и исламисты из восточных кланов. Ясное дело, Набиев победил с 55-58%, однако, это не главное. Убедившись в невозможности забрать свое путем демократических выборов, наиболее горячие горцы стали готовиться к силовым действиям, дабы кровью и штыками захапать весь таджикистанский пирог себе, ибо остаться должен только один. Первым столкновением стал конфликт председателя Верховного Совета Кенджаева и минвнудела Навджуванова. Каждого из чиновников поддержали соклановцы, что привело к шествиям и митингам в поддержку того или другого чинуши.
Постепенно митинги переросли в словесные стычки, а затем и в рукопашные бои между сторонами. Правительство поддерживали преимущественно выходцы из ленинабадцы и кулябцы, оппозицию — гармцы и бадахшанцы. Противостояние быстро приобрело вооруженный характер, и из столицы пошло в регионы. Опять же у советской/СНГшной/российской армии массово скупалось стрелковое оружие. Оппозиция, действуя быстро и решительно, достаточно скоро установила контроль над Душанбе. Набиев был свергнут и сбежал в Худжанд, где его благополучно то ли убили, то ли он сам умер. Начались люстрации, посадки и просто расстрелы. Уничтожались представители враждебных кланов, светские интеллигенты, коммунисты, русские и все сочувствующие.
Ленинабадская клановая верхушка понесла огромные кадровые потери и уступила ведущую роль гиссарцам и кулябцам. Они же, ничтоже сумняшеся, создали «народный фронт», который возглавил Сангак Сафаров — тёмная и противоречивая личность. Из своих 63 лет, 23 года он провел в тюрьме. Жизненный опыт и широкий круг знакомств помогли Сафарову превратить «народный фронт» в достаточно мощную организацию для разворачивания вооруженной борьбы и защиты интересов кулябско-гиссарского союза.
В народе и прессе, «бойцов народного фронта» называли «юрчиками», за любовь к Юрию Андрпову и обилие среди них всякого рода «гэбушников» . «Вовчики» закрепилось за демократами и исламистами из-за похожести на слово «ваххабит». Обе стороны пользовались поддержкой из-за рубежа, правительства Узбекистана, Казахстана и России стояли на стороне «юрчиков», Афганистан, Пакистан и различные исламисты — на стороне «вовчиков».
Наиболее активно в конфликте на стороне «юрчиков» участвовал Узбекистан. Из таджикских узбеков было создано самостоятельное вооруженное формирование под командованием Махмуда Худойбердыева, получавшее снаряжение и финансирование от Ташкента. Русские Таджикистана, не имеющее никакого кланового деления, больше не расчитывающее на защиту государства, массово перебирались в Россию.
К началу 1993 года, число жертв войны превысило 50 тысяч человек, гибло в основном мирное население из-за взаимной клановой резни. Наиболее ожесточенное противостояние проходило в Каратегине и Дарвазе, со стороны Афганистана регулярно прорывались отряды моджахедов. В марте Сафаров был убит в ходе внутренних разборок между полевыми командирами. Осиротевших «юрчиков» возглавил Эмомали Рахмонов — влиятельный политик, бывший глава колхоза, представитель кулябского клана. В 1992 году он возглавляет Верховный Совет. Ко всё большему участию привлекаются иностранные вооруженные силы, особенно подразделения российской армии. К 1994 году обстановка на фронтах стабилизируется, война принимает позиционный характер.
В ноябре того же года Рахмонов становится президентом Таджикистана. Под эгидой ООН, России и местных государств проходят восемь раундов переговоров. Ситуация заметно улучшилась, когда объединенная оппозиция распалась и началось противостояние между демократами и исламистами. Рахмонов склонил на свою сторону Саида Нури, главу Партии исламского возрождения, пообещав места в правительстве, амнистии и включение отрядов партии в силовые структуры. Постепенно, удалось достичь соглашения с большинством группировок и 27 июня 1997 года было подписано окончательное мирное соглашение между правительством и Объединенной таджикской оппозицией. Однако, полностью противостояние свернуть не удалось. В 1998 году мятеж поднял Худойбердыев, но поддержки не получил и был вытеснен за территорию республики.
Ценой тяжелых усилий и огромных людских потерь, удалось отстоять светский характер государственности Таджикистана. Провалилась попытка распространения «аль-Каидой» и «Талибаном» своего влияния в регионе. Поддерживая баланс между кланами, Рахмонов до сих пор находится у власти, а в республике сохраняется относительно спокойная обстановка, несмотря на близость к вечно неспокойному Афганистану. Война нанесла по экономике и хозяйству страны сильнейший удар. К середине 90-х большинство населения находилось за чертой бедности. Предприятия, колхозы, ЖКХ и прочая инфраструктура были разрушены войной. Сотни тысяч человек покинули страну, практически исчезло нетаджикское население, судьба оставшихся трагична. Разорение и необходимость в притоке инвестиций поставили страну в подчиненное положение к соседям. Оптимизма таджикам прибавляет лишь судьба соседнего Афаганистана, где война не утихает до сих пор и где обстановка хуже в разы.