Еще в 90-х годах просочились слухи о секретной правительственной станции метро в Москве. Если американцы сбросят атомную бомбу на Москву, эта станция даст возможность быстро эвакуироваться из Кремля и спасти жизни правительственной верхушке. Она ведет на военные объекты в Подмосковье (Подольск, Чехов, Внуково-2). В источниках, посвящённых этой теме, система обычно называется «Метро-2». Местами также упоминается якобы официальное название «Д-6», в реальности однако не подтверждаемое никакими официальными источниками. некоторым сведениям станция названа Метро-2 или Д-6.
Местонахождение секретных объектов Москвы является государственной тайной. К примеру, ежегодные фото с воздуха сначала отправляются в опломбированных пакетах в штаб Московского военного округа, для контрольного осмотра.
Существует множество слухов и домыслов о существовании под Москвой секретных линий метро. Эта тема широко обсуждалась в прессе в начале 90-х годов. Было высказано множество версий, порой самых фантастичных и невероятных.
Стратегическое значение системы тоннелей метрополитена огромно. Неудивительно, что с начала строительства, станции и тоннели несли не только транспортную, но и военнo-оборонительную функцию. В проекте строительства второй очереди метрополитена была станция "Советская", расположенная под Советской площадью, между станциями "Театральная" (в те времена "Площадь Свердлова") и "Маяковская". В целях ускорения строительства станция так и не была построена (подробнее о проектах второй очереди см. раздел История проектов). С использованием элементов первоначального проекта станции был построен высокозащищенный бункер для подземного пункта управления Московского штаба ГО. Перегонные тоннели проходят в нескольких десятках метрах от бункера.