Сразу скажу, что в России эти имена в 21 веке употребляются, и не так уж редко. Можно, пожалуй, сказать, что Амалия оценивается скорее нейтрально, а Амелия - более положительно. А какая между ними разница, кроме А и Е? Варианты ли это одного имени, или их сходство обманчиво? Имя одно, пути проникновения в Россию разные. Было древнее немецкое имя Амал и женское Амала (Amal, означающее труд), и от этого же слова немцы образовали еще несколько более сложных имен: мужское Амальберт AMALBERT (с использованием корня beraht - яркий); мужское Амальрик, или Амальрих (ric - власть), у этого имени был еще немецкий вариант Emelrich, и существует французский Амори (Amaury). Кстати сказать, популярность имени Амори во Франции растет: если до 1960х годов наблюдались лишь отдельные случаи именования среди новорожденных, то последние полвека количество новорожденных Амори заметно выросло и зашкаливает уже за 0,1%. Правда, в топовую сотню имен оно еще не попало и вряд ли в ближайшие годы попа