Итальянский тренер вскоре возглавил "Наполи", ведь бывший наставник клуба уже покинул свой пост.
Анчелотти не успел стать тренером "Наполи", как уже назвал главную трансферную цель клуба, по мнению Карло это полузащитник "Баварии" Артуро Видаль, с которым он уже работал, когда тренировал "Баварию".
Напоминаем, что до работы в Неаполе, Анчелотти работал в Мюнхене.
18 февраля 2017 года после матча Чемпионата Германии «Герта» — «Бавария», который закончился счётом 1:1, Карло Анчелотти показал болельщикам «Герты» жест средним пальцем. Сам тренер объяснил это тем, что фанаты столичного клуба плевали в него. Немецкий футбольный союз провел расследование инцидента. В итоге был вынесен вердикт оштрафовать Анчелотти на 5 тысяч евро, хотя изначально предполагалось, что сумма может достичь 10 тысяч.
28 сентября 2017 года после крупного поражения «Баварии» от «Пари Сен-Жермен» в Лиге чемпионов (0:3) было созвано экстренное совещание, на котором было принято решение уволить Анчелотти с поста главного тренера.
23 мая 2018 года Карло возглавил «Наполи». Контракт рассчитан на 3 года.