23 мая 1996 после 100 дней плена и жестоких пыток, Евгению Родионову и его сослуживцам было предложено снять нательный крест и принять ислам.
По словам матери, в убийстве признался Руслан Хайхороев, в присутствии иностранного представителя ОБСЕ он рассказал:
«…У него был выбор, чтобы остаться в живых. Он мог бы веру сменить, но он не захотел с себя креста снимать. Бежать пытался…»
23 мая, в собственный день рождения, после 100 дней плена и жестоких пыток, Евгению Родионову и его сослуживцам было предложено снять нательный крест и принять ислам. Евгений Родионов отказался снять крест, за что был обезглавлен.
Вскоре после захвата в плен мать Евгения, Любовь Васильевна, приехала в Чечню на поиски сына, как считалось, дезертира. Его командир сообщил ей, что он в плену, но не проявил никакого участия к его судьбе. У матери получилось выйти на связь с Басаевым, тот при всех пообещал ей найти сына, но, когда она вышла из селения, её догнал брат Басаева и жестоко избил до полусмерти, сломав ей позвоночник. В конце концов она была вынуждена заплатить боевикам деньги, чтобы узнать место захоронения сына. Тело Евгения мать опознала по нательному кресту. Позже результаты опознания подтвердила экспертиза.
Крестик Евгения был найден в могиле на его обезглавленном теле, а позже мать Евгения передала его в храм святителя Николая в Пыжах, в котором он несколько лет хранился в алтаре.
Похоронен Евгений Родионов в Москве, близ деревни Сатино-Русское поселения Щаповское (Троицкий административный округ), возле церкви Вознесения Христова.